Хотя сам Ф. Нейринк отстаивал знание Иоанном всех трёх синоптических Евангелий, его последователи склонялись к мысли об использовании в Евангелии от Иоанна только Евангелий от Марка и от Луки. Тексты говорят в пользу обеих версий, поскольку время от времени Евангелие от Иоанна согласуется с одним из синоптических Евангелий против двух других. Общий для всех четырёх евангелистов материал сосредоточен в повествовании о Страстях (наиболее показательны – пророчество о троекратном отречении апостола Петра, пение петуха при его исполнении, ответ Христа на вопрос Пилата, надпись на Кресте, обнаружение пустой гробницы и проч.). C Евангелиями от Матфея и от Марка Евангелие от Иоанна объединяют рассказы о хождении по водам, об обличении предателя, о поругании Христа и др. Больше всего параллелей в Евангелии от Иоанна с Евангелием от Луки (вопрос к Иоанну Предтече, не он ли Христос, упоминание того, как апостол Пётр отсёк правое ухо рабу, упоминание первосвященника Анны, слова Пилата о невиновности Христа, пелены во гробе, при явлении после воскресения Христос показывает ученикам руки и ноги, явления происходят в Иерусалиме, а не в Галилее и проч.). Основные отличия Евангелия от Иоанна от синоптических Евангелий – рассказ о браке в Кане Галилейской, беседы с Никодимом и самарянкой, рассказ о воскрешении Лазаря и др. При этом у евангелиста Иоанна (кроме Ин. 1:14) не говорится о Рождестве Спасителя, об искушении в пустыне, о двенадцати апостолах (только малые списки учеников: Ин. 1:35–51; 21:2), отсутствуют экзорцизмы, рассказы о Преображении, об установлении евхаристии и др. Самые заметные отличия – продолжительность общественного служения (у синоптиков – один год, тогда как у Иоанна упоминаются три Пасхи – Ин. 2:13; 6:4; 11:55) и несколько посещений Иерусалима (Ин. 2:13; 5:1; 7:10). Очищение храма происходит в начале служения (Ин. 2:13 слл.), а не при выходе на Страсти. Служение начинается не после ареста Иоанна Предтечи, а раньше (Ин. 3:22–24). Несколько противоречиво выглядят свидетельства евангелистов о времени крестной смерти. В целом в Евангелии от Иоанна меньше рассказов о чудесах, больше речей, акцент делается на проповеди не Царства, а вечной жизни. Больше внимания уделяется служению Христа в Иудее, чем в Галилее. Ряд исследователей развивали теорию, основанную на признании приоритета Евангелия от Иоанна и соответственно возможной обратной зависимости синоптических Евангелий от него. Впервые она была сформулирована Дж. Робинсоном в 1957 г., но долгое время оставалась незамеченной. Среди аргументов в пользу ранней даты написания – отсутствие в Евангелии от Иоанна указаний на разрушение Иерусалима римлянами (ср.: Ин. 2:19). Хотя противники этой теории приводят иное объяснение: с момента разрушения храма прошло столько времени, что подробности исторического события перестали быть актуальными. Используются также доказательства, основанные на сравнении Евангелия от Иоанна с синоптическими Евангелиями (например, доказывается, что указание в Лк. 7:38, 44 о том, что грешница отирала ноги Христа своими волосами, заимствовано из Ин. 11:2 и 12:3, а не наоборот).