То, что текст Q был написан на греческом языке, проявляется в Q 11:20 и 12:42, где используется частица, которую сохранили как Лука, так и Матфей, а также в употреблении конструкций с абсолютным родительным падежом в Q 7:24 и 11:14. Главной проблемой для сторонников гипотезы Q являются «малые согласования» Евангелий от Матфея и от Луки между собой против Евангелия от Марка (например, в тройной традиции в Евангелиях от Матфея и от Луки есть вопрос: «кто ударил Тебя?» – Мф. 26:68/Лк. 22:64 против Мк. 14:65). Ф. Нейринк привёл несколько возможных объяснений: случайные совпадения, частичное совпадение традиций Евангелия от Марка и Q, влияние устной традиции, феномен усталости переписчика, повреждение или гармонизация текста на уровне рукописной традиции. Однако, по мнению Г. Штреккера и Э. Эннулата, «малые согласования» могут быть следом несохранившейся версии Евангелия от Марка (прото-Марк), которую использовали евангелисты Матфей и Лука. К теории прото-Марка склоняется и Кёстер. Он попытался включить в теорию двух источников в качестве источника найденное М. Смитом «Тайное евангелие Марка», которое многие исследователи считают подделкой. По его мнению, существование протоисточника канонического Евангелия от Марка доказывается общими для Евангелий от Матфея и от Луки пропусками (например: Мк. 2:27; 4:26–29; 10:21, 23, 39b; 12:29, 32–34; 14:51–52), сохранением оригинального текста в Евангелиях от Матфея и от Луки, присутствием в каноническом Евангелии от Марка специфической терминологии, которой нет в Евангелиях от Матфея и от Луки («Евангелие» в абсолютном значении, «учение» в Мк. 1:27 и др.). Исследователи полагают, что именно по причине двух редакций Евангелия от Марка Луке не был известен весь раздел Мк. 6:45–8:26 (о Вифсаиде). Таким образом, к сильным сторонам гипотезы двух источников относятся разноплановая аргументация, которая ведётся по нескольким линиям, сведение гипотетических источников к минимуму, признание оригинальности Евангелия от Марка (что объясняет его сохранение в ранней церкви и канонизацию наряду с Евангелием от Матфея, хотя почти весь материал Евангелия от Марка в нём присутствует). По мнению исследователей, против Q говорит то, что этот текст гипотетический, который никто никогда не видел и о котором никто из древних авторов не сообщает (например, о существовании памятника «Дидахе», который считался утерянным, всё-таки было известно в традиции древней церкви; в то же время «Трактат о двух путях» неизвестен отдельно и реконструируется на основе Послания Варнавы, «Дидахе» и Doctrina apostolorum). Э. Сандерс отмечает, что многие сторонники теории Q в действительности признают существование большего числа источников – прото-Марка или различных редакций Q, что подрывает основы гипотезы, претендующей на простоту. Гипотеза Фаррера-Гоулдера, по мысли её сторонников, призвана предложить более простое решение синоптической проблемы, чем гипотеза двух документов: Марк писал первым, Матфей свободно отредактировал его текст для иудеохристианской общины, почти не добавляя сведений из других источников (по мнению Гоулдера, он расположил материал в соответствии с лекционарием), Лука же использовал как Евангелие от Марка, так и Евангелие от Матфея.