Часто дискутируются сюжетные повторы в тексте памятника: дважды описывается одинаковое видение башни-Церкви, во второй раз несколько подробнее. Cхожая по содержанию картина описывается и в видении о ветвях. Более подробное изложение второй картины с башней соответствует новому состоянию Ермы, просвещённого старицей и пастырем и усовершенствовавшегося в добродетелях. Такое же соотношение наблюдается при сравнении зачина и финала текста: если вначале Ерма, видя девушку, думает о земной жене, то в конце в его доме поселяются девы – небесные добродетели; первое видение башни-Церкви он получает на Кумской дороге, близ Рима, а второе – в далёкой Аркадии, символе идиллического мира. Менее изучены повествовательные приёмы Ермы. Он охотно пользуется принципом формального чередования: основные видения дополняются краткими видениями-пояснениями, в Заповедях чётко чередуются диалоги и монологи, Подобия в виде литературных притчей сменяются аллегорическими толкованиями картин растительного и животного мира. Ерма активно использует распространённые античные философские мотивы. Симметрическая композиция текста касается и его духовного содержания: если начало (Видения) и конец (Подобия 8-10) посвящены образам Церкви, то средняя часть обращена к каждому верующему (образ которого и воплощает Ерма по отношению к пастырю) с призывом к личной добродетели. Духовное и богословское содержание «Пастыря» включает тесно переплетённые экклезиологию, нравственное учение о добродетелях и грехах, проповедь покаяния, учения о воздаянии и о различении духов. Важное догматическое значение имеет сделанное мимоходом замечание о «творении из ничего». В пятом Подобии излагаются представления Ермы о Троице и таинстве Спасения (это учение несколько запутанно, т.к. притча и её толкование совпадают не во всех деталях): Отец поручает людей Сыну, Который показывает им закон Отца и исправляет их; также Отец посылает Святого Духа в плоть (подразумевается человечество Иисуса), и через это плоть очистилась и обожилась. Имя Иисуса Христа Ерма не упоминает (говорит только о Сыне Божьем), хотя у него есть намёк на земную жизнь Спасителя. Христология Ермы отражает ранний, наиболее архаичный этап в христианском вероучении, ярко окрашенный влияниями так называемого иудеохристианства, вследствие чего исследователи видят в ней черты «пневматической» или «ангеломорфной» христологии, бинитаризма, адопцианства и субординационизма, причём остаётся дискуссионным вопрос, какая из схем (или их сочетаний) предпочтительнее. Функции Сына Божия исполняет архангел Михаил, что позволяет ряду учёных утверждать отождествление здесь Сына Божия с архангелом Михаилом. Поскольку же речь идёт о так называемых протоктистах, т.е. семи высших ангелах, и говорится только о шести юношах, исследователи делают вывод, что седьмым ангелом является Сын Божий. В «Пастыре» встречается отождествление Сына Божия и Святого Духа. Попытку Хенне методами литературно-композиционного анализа показать, что отрывок имеет не христологический, а сотериологический характер, исследователи считают малоубедительной. Согласно Ерме, Церковь создана, прежде всего, для творения.