Учение о Церкви изложено аллегорически, в виде образов строящейся башни, старицы с разными лицами, чудовища – знамения скорых гонений и ветвей разного вида; все они апеллируют к образу башни. Суть первого образа, главного и наиболее развёрнутого: здание Церкви покоится на Христе – древнем камне с новой дверью, через которую верующие входят в Царство Божие. Церковь основана «на водах», т.е. на фундаменте крещения, и составляется из камней-верующих: в основание её положены древние праведники (ветхозаветные патриархи и пророки), священнослужители (апостолы, учители, епископы, пресвитеры, диаконы; грань между последними тремя степенями ещё недостаточно чёткая), одни из них живы, а другие умерли, и мученики; стены состоят из верных и успевших покаяться. Задача проповеди Ермы заключается в очищении Церкви, в строении которой сделан перерыв, чтобы грешники покаялись и могли быть снова положены в башню. К покаянию необходимо обращаться как можно быстрее, т.к. башня будет скоро построена, после чего наступит кончина мира. Все люди-камни относятся к 12 различным типам-горам, одни из которых входят в Церковь, другие – нет, а прочие – только через покаяние; стать частью Церкви невозможно без крещения и вхождения в неё. Церковь устрояют ангелы, а надзирают за ней добродетели. Перефразировкой этого видения является образ верующих-ветвей, соответствующий образу гор: награда сохранившим свои ветви-души зелёными и сделавшим их плодоносными – венцы от ангела. Образ старицы, являющейся со всё более молодым и весёлым лицом, обозначает обновление Церкви через откровение, способствующее её очищению. Чудовище, грозящее пожрать Ерму, т.е. верующего, – будущие напасти, отождествляемые отчасти с концом света (толкование красного цвета), которым подвергнется Церковь и после которых спасутся праведники, у них будет «одно тело, один разум, один ум, одна вера, одна любовь». Отдельно Ерма рассматривает два актуальных вопроса церковной дисциплины и устройства: о браке и разводе и о пророках. В первом он довольно снисходителен: разрешает развод за прелюбодеяние, но велит принимать обратно раскаявшуюся жену, хотя и не многократно; осуждает брак после развода ради возможности покаяния и воссоединения, но разрешает брак вдовцов. Отношение же к самому браку у Ермы весьма положительное: правильный брак – основа жизни верующего. Тем не менее, в «Пастыре» присутствуют некоторые следы энкратической тенденции: обращение к Ерме как к «воздержному» (пропущено в русском переводе) и слова «к жене своей, которая имеет сделаться сестрою твоею», хотя в последнем случае возможна и интерпретация «сестры» как «сестры по вере» (ср.: 1 Кор. 9:5). Лжепророков Ерма советует распознавать по их действиям (поведению, плате за услуги), присутствию в Церкви и типу ответа (после вопроса или без него). Относительно связи этого фрагмента с монтанизмом ведётся длительная дискуссия: в настоящее время большинство исследователей (например, Райлинг) склонны рассматривать его как домонтанистский. К экклезиологии Ермы исследователи также относят учение о богатых и бедных: богатому трудно спастись, но, помогая бедным, он спасается их молитвами – такая схема приходит на смену общности имуществ апостольского века.