С XI в., когда увеличилось число тропарей годового круга, которые пелись после третьего антифона литургии, припевом к последнему стал стих «Спаси ны, Сыне Божий...», а «Единородный Сыне» был окончательно присоединён ко второму антифону в качестве заключительного тропаря. Эта практика засвидетельствована в ряде памятников XI в. (литургические рукописи, толкование, носящее имя Николая Андидского) и сохраняется в православной богослужебной традиции до настоящего времени – «Единородный Сыне» всегда поётся в конце второго литургийного антифона, вне зависимости от того, какие именно антифоны исполняются: праздничные, вседневные или изобразительные (в первых двух случаях «Единородный Сыне» должно петь на «Слава? И ныне:», в третьем – на «И ныне:», но на практике и в этом случае «Единородный Сыне» нередко поётся на «Слава: И ныне:»). Помимо чина Божественной литургии «Единородный Сыне» в древнем кафедральном богослужении Константинополя исполнялся во время двух основных служб суточного круга – вечерни и утрени, причём в составе их центральных частей. Это отражено в списках Типикона Великой церкви (XI в.), в кафедральной константинопольской Псалтири (последняя четверть XIV – первая четверть XV вв.), в Евхологии Барберини (VIII в.; здесь говорится о пении «Единородный Сыне» только на вечерне). На вечерне тропарь звучал в конце второго малого (неизменяемого) антифона; на утрене – в конце Пс. 50, тогда богородичен «Преславную». Аналогичный порядок пения тропаря на суточных службах приводит для кафедральной практики Фессалоники начала XV в. Фессалоникийский архиепископ Симеон, связавший тропарь с именем Кирилла, по мнению исследователей, Александрийского. Помимо вечерни и утрени Великим постом «Единородный Сыне» исполняли в составе тритекти, где тропарь пели с третьим антифоном во время входа патриарха в храм. В послеиконоборческом византийском монашеском Часослове, согласно которому в настоящее время совершаются суточные службы во всём православном мире, практика включения «Единородный Сыне» в чины вечерни и утрени не зафиксирована, так что тропарь «Единородный Сыне» поётся только на литургии. Но, с другой стороны, в византийском монашеском Часослове, в основе которого лежит древний палестинский Часослов, «Единородный Сыне» входит в чин изобразительных, который должен совершаться как самостоятельное последование в те дни, когда литургии нет (или по причине запрета её совершения, как, например, в среду и пятницу Сырной седмицы, или по причине отсутствия священника, и т.п.) или когда литургия совершается после вечерни (например, в Великую субботу). Тропарь «Единородный Сыне» помещён здесь после Пс. 102 и 145. Впрочем, как отмечают исследователи, в самой ранней сохранившейся рукописи палестинского Часослова (IX в.) «Единородный Сыне» в чине изобразительных не содержится (чин начинается с евангельских заповедей блаженства); но в более поздних рукописях тропарь уже присутствует.