С именем Юстиниана происхождение тропаря связывают также Павел Диакон (VIII в.) и автор литургического комментария XII в., надписанного именем Софрония Иерусалимского. Однако в сирийской традиции авторство «Единородный Сыне» приписывается Антиохийскому патриарху Севиру (ум. в 538 г.), монофизитскому богослову. Из исследователей XX в. авторство Севира отстаивал Ж. Пюйад, считавший, что монофизиты не стали бы заимствовать халкидонскую гимнографию в период, когда в Константинополе состоялся Собор (536 г.), осудивший Севира и других приверженцев монофизитства. В пользу авторства Севира, по мнению Ж. Пюйада, свидетельствуют также некоторые особенности употребленных автором гимна вероучительных формулировок, несущих, как считает исследователь, отпечаток монофизитской христологии. Оппонентом Ж. Пюйада выступил Венеас Грюмель, по мнению которого сходство некоторых формулировок «Единородный Сыне» с высказываниями Севира могло бы считаться аргументом в пользу его авторства, если бы эти формулировки были характерны только для Севира и противоречили бы богословским взглядам Юстиниана. Однако выражения тропаря, расценивавшиеся Ж. Пюйадом как специфически монофизитские, были свойственны и богословию Юстиниана. По мнению В. Грюмеля, в тексте «Единородный Сыне» отразился спор об обсуждавшейся до 534 г. в Константинополе «теопасхитской» формуле «Един от Троицы был распят и пострадал». Она была предложена скифскими монахами в 519 г., чтобы подчеркнуть ошибочность несторианства, но первоначально Юстиниан отвергал эту формулу (в 521 г. она была осуждена и папой Римским Гормиздом). В 532/533 г. Юстиниан провёл собеседование монофизитских и православных епископов, клириков и монахов, на котором монофизиты, в частности, обвинили халкидонитов в отрицании того, что Христос, пострадавший по плоти, это Один из Троицы. Такое обвинение было бы невозможным, если бы в православном богослужении уже присутствовал тропарь «Единородный Сыне». Исповедание, удовлетворявшее этому требованию монофизитской стороны, было включено в первую статью объединительного эдикта 533 г., в котором провозглашалась вера в Святую Троицу и воплощение Слова от Приснодевы Марии. Выражения, схожие с текстом «Единородный Сыне», содержатся в письмах Юстиниана от 533 г. к папе Римскому Иоанну II по поводу формулы скифских монахов и к Константинопольскому патриарху Епифанию по поводу эдикта того же года. В 534 г. Юстиниан получил ответ от папы с одобрением текста своего исповедания веры и указанной формулы и с осуждением отрицавших это исповедание монофизитов. Таким образом, выражение «Един сый Святыя Троицы» соответствует богословской позиции Юстиниана в период, непосредственно предшествовавший дате (согласно Феофану) введения тропаря в константинопольское богослужение. Текст «Единородный Сыне» удовлетворял как халкидонитов, так и монофизитов и мог тем самым способствовать религиозному объединению империи. Тем не менее, В. Грюмель допускал, что тропарь мог быть написан Севиром, а затем был введён в богослужение Юстинианом.