Сначала последователей Лютера называли евангелистами или лютеранами. В 1528 г. 1-й Шнейерский сейм (т.е. рейхстаг) принял постановление о свободе каждого немецкого князя выбирать религию себе и своим подданным. Однако 2-й Шнейерский сейм 1529 г., где большинство составляли католики, отменил это решение. Лютеранам было запрещено жить в католических местах, а само распространение лютеранства запрещалось, католикам же разрешалось жить в лютеранских странах и укреплять католичество. Лютеранское меньшинство выразило протест против этого решения. Это и дало им новое и более укоренившееся название – протестанты. Так наряду с католицизмом и православием возникло новое, третье направление христианства.

В дальнейшем учение Мартина Лютера было расширено и стало более радикальным под влиянием других реформаторов эпохи – Цвингли, Кальвина, Мюнцера. В разных странах протестанты назывались по-разному. Во Франции они назывались гугенотами, в Швейцарии и Нидерландах – кальвинистами, в Шотландии и Англии – пуританами, в Германии, Швеции, Венгрии и Польше – лютеранами. Позднее появились новые течения, относящиеся к так называемому позднему протестантизму: баптисты, методисты, квакеры, адвентисты, мормоны, пятидесятники и др.

Карл V в этой ситуации вначале взял сторону папы и обнародовал указ о преследовании протестантов. Это привело к многочисленным жертвам, и вскоре Карл понял бессмысленность борьбы с немецкими князьями-протестантами. Император стал обвинять папу, а папа – упрекать императора в недальновидности и слабости. В конце концов, это привело к разрыву их отношений, и Карл V объявил о свободе вероисповедания до созыва всеобщего Собора. Обиженный папа пошел на сближение с Францией. Такие изменения в политике никогда не кончаются добром для более слабого, поэтому вскоре Клименту VII пришлось отправиться в мир иной, поскольку его политика уже не устраивала кардиналов. Потеря Германии для католиков стоила гораздо дороже, чем жизнь зарвавшегося папы – и его отравили.

Папский престол занял кардинал Александр Фарнезе под именем Павла III, который в связи с неуправляемым распространением протестантизма в 1536 г. издал буллу, угрожавшую отлучением от Церкви за малейшие признаки этой ереси. При этом духовенство имело огромные привилегии для привлечения любых лиц к суду. Для борьбы за укрепление католической Церкви в 1540 г. Павел III официально признал и призвал на службу орден иезуитов (от слова «Иезус», т.е. Иисус, от названия «Общество Иисуса»), основанный в 1534 г. в Испании Игнатием Лойолой. Этот орден и стал главным орудием контрреформации. Его основная цель – способствовать восстановлению могущества пап и распространение католицизма. В 1542 г. в Риме был утвержден Верховный инквизиционный трибунал во главе с фанатиком инквизиции Джоном Карафой, будущим папой Павлом IV.

С целью поднятия пошатнувшегося авторитета католической Церкви в городе Тренто (в южной части Тироля) по совету Лойолы Павел III созвал 19-й Вселенский собор, на котором было утверждено положение о непогрешимости папы, что давало ему неограниченные полномочия.