С 1232 г. практически все действия инквизиции возлагаются на доминиканцев. Через них папы держали под контролем самые отдаленные уголки католического мира, подавляя любую оппозицию. Из их рядов вышли несколько пап (Иннокентий IV, Пий V и др.), а также средневековые католические философы – Альберт Великий и Фома Аквинский. Оба философа стремились поставить науку на службу католической религии.

Граф фон Больштедт, вошедший в историю под именем Альберт Великий, обладал энциклопедическими познаниями в разных областях, за что получил титул «doctor universalis», т.е. «всеобъемлющий доктор». Кстати, понятие «доктор» тогда относилось исключительно к научной сфере, но не медицинской, как принято нынче. Полемика с другими богословами побудила его обратиться к наследию Аристотеля, чтобы согласовать его с христианским вероучением. Он положил начало обновленной схоластической философии. Эту линию более последовательно и целенаправленно продолжил его ученик Фома Аквинский, основатель учения, получившего его имя – томизм. И хотя при жизни он получил титул «ангельский доктор», отношение католической Церкви к его учению менялось. В XIX в. учение Фомы Аквинского было актуализировано и вошло в историю под названием неотомизма.

В XIII в. руки Ватикана тянутся к Руси. Однако планам папства, как ни странно, мешал «поповский король», как его называли современники за покровительство ему Иннокентия III, т.е. Фридрих II. Умный и дальновидный политик, он еще при жизни Оттона IV понимал, что маска крестоносца гарантирует ему покровительство папы. Она давала ему также возможность в течение долгого времени вооружаться с целью объединения Сицилийского и Германского королевств, не вызывая подозрений. Фридрих был баловнем судьбы и космополитом в религии, любил исламские обычаи и держал огромный гарем из магометанок, имел постоянные дружеские дипломатические отношения с исламскими государствами Европы, Азии и Африки и не питал ненависти к неверным. При этом он в течение 13 лет морочил голову папе, делая вид, что тщательно готовится к походу.

Наконец, в 1227 г., уступая требованиям папы, Фридрих посадил свою армию на суда, но через три дня вернулся под предлогом того, что не выдерживает качки и страдает морской болезнью. Папа был в ярости и отлучил его от Церкви. Но боязнь морской болезни не помешала Фридриху в следующем году отправиться, так сказать, «на завоевание» Палестины по приглашению Египетского султана Камаля после смерти дамасского султана, женатого на наследнице Иерусалимского королевства. В результате в 1229 г. Фридрих получил Иерусалимскую корону, не пролив ни единой капли крови. Здесь же был заключен мирный договор с Камалем, который тоже был заинтересован в надежном союзнике.

Папа Григорий IX, воспользовавшись отсутствием Фридриха, навербовал себе солдат и разграбил Южную Италию. Быстро возвратившись в Европу, Фридрих разогнал наемников. Мнение Европы было на его стороне, и папа в 1230 г. вынужден был снять с него отлучение. Но в 1239 г. он вновь отлучил Фридриха от Церкви за его стремление захватить Сардинию и взять в клещи Северную и Среднюю Италию, а также Папскую область. Эта борьба длилась до смерти папы Григория IX.