Более года папский престол пустовал, потому что кардиналы никак не могли договориться о престолонаследии. Император даже пригрозил повесить всех, если они не договорятся, и осадил Рим. Наконец, в июне 1243 г. папой стал 48-летний Иннокентий IV. Фридрих II считал его своим другом и выразил надежду, что новый папа восстановит мир. Однако сразу после избрания Иннокентий IV предложил Фридриху подписать договор, где тот обязуется вернуть все земли, отнятые у Церкви, публично покаяться за то, что не подчинялся Григорию IX, и признать верховенство папы. Это было прямым оскорблением, и Фридрих пригрозил расправой. Не дожидаясь ее осуществления, Иннокентий IV бежал в Лион. Здесь он собрал I Лионский Вселенский собор в 1245г., который отлучил Фридриха от Церкви, объявил антихристом и предложил лишить его императорского престола. Начался новый виток борьбы с папой. Иннокентий не пренебрегал никакими средствами, даже пытался отравить императора. Незадолго до смерти Фридрих захотел помириться, чтобы обеспечить корону своему сыну Конраду, но папа и слышать не хотел о «змеином отродье». Для борьбы с Фридрихом он даже посылал посольство в Орду. В результате, не получив желаемого ответа, папа на I Лионском соборе объявил крестовый поход на Орду.

Со смертью Фридриха II в 1250 г. потерпела крах и династия Гогенштауфенов. Его сын Конрад IV был отравлен папой в 1254 г., а его трехлетний наследник уже не мог считаться серьезным противником папству. Междуцарствие 1254–1273 гг. после падения династии привело к политическому распаду германо-римской империи на множество самостоятельных княжеств.

Иннокентий IV активно проталкивал идеи католицизма на Русь. Еще в 1245 г. он ввел кардинальскую шапку красного цвета – символ готовности пролить кровь за Церковь. Кровь, конечно, лилась рекой, но не папская.

Когда папство еще только готовилось к экспансии католичества и прибегало для выполнения этой задачи к созданию орденов крестоносцев, полоцкий князь Владимир по своей простоте и недальновидности сам уступил пришельцам прибалтийские земли. Таким образом, еще с 70-х – 80-х гг. XII в. борьба Пскова и Новгорода с немцами и их сподвижниками стала неотвратимой реальностью. Ливы вскоре поняли угрозу, когда Иннокентий III заложил в устье Двины Ригу (1200 г.) и учредил орден с уставом тамплиеров. Они обратились за помощью к полоцким князьям, но было поздно, потому что на помощь меченосцам пришли тевтонские рыцари. Объединившись, они в 1237 г. образовали Ливонский орден, окончательно закабаливший местное население.

Папа Григорий IX, покровитель ордена, побуждал немцев и шведов к такому же покорению Северной Руси. В 1240 г. немцы покорили Псков, а шведы нацелились на Новгород. Новгородский князь Александр Ярославич, внук великого князя Всеволода (за свою многодетность получившего прозвище Большое Гнездо), продолжая политику отца, делает ставку на Орду и защищает Русь от католической Европы. В 1240 г. он наголову разбил шведов в устье реки Ижоры, за что и получил прозвище Невский. Историки любят спорить о том, была ли эта победа случайной, поскольку самоуверенный Биргер не ожидал нападения. Но тем не менее, Ливонский орден не отказался от своих планов, и летом 1240 г. вторгся в псковские земли. 5 апреля 1242 г. на льду Чудского озера Александр Невский одержал полную победу над орденом, и он перестал существовать.