Ещё одна форма библейской интерпретации, представленная в кумранских рукописях, – комментарии на различные библейские книги, представляющие древнейший из известных образцов непрерывного библейского комментирования. В библиотеке Кумрана есть два вида комментариев: последовательный, в котором толкуется одна книга (обычно пророческая), и тематический, в котором подбираются и разъясняются цитаты из разных библейских книг, посвящённые одной теме. Комментарии первого типа называются исследователями «пешарим» (множественное число от «пéшер» – «истолкование», поскольку в этих текстах комментарий, следующий за библейской цитатой-леммой, вводится словом «пишро» – «истолкование этого»). Таковы, например, комментарии на Книги пророков Аввакума, Осии, Михея, Исаии и др. Комментарии второго типа называются «флорилегии» (от лат. «цветник», «сборник цитат»), хотя и в них комментарий вводится словом «пишро», и в основе комментирования лежат те же принципы, что и в первом случае. Таковы, например, «Флорилегиум», «Тестимония» и «Мидраш Мелхиседек». И в том и в другом случае исследователи с достаточной долей уверенности утверждают, что авторами комментариев были сами кумраниты. Одним из оснований для подобного утверждения является предписание «Устава общины»: «И в месте, где будут десять человек, пусть неотступно будет изучающий Учение днём и ночью, постоянно, друг за другом. И старшие пусть бодрствуют вместе треть всех ночей года, читая по книге и изучая Закон и благословляя всех вместе». Исследователи полагают, что эти комментарии и запечатлели результаты подобных бдений. Изучение текстов показало, что члены общины, осознававшие окружавшую их реальность как «последние дни», прочитывали библейские пророчества как обращённые именно к ним и именно в современных им событиях искали объяснения тем или иным словам древних пророков, веря, что их лидеру, «Учителю праведности», открыта полнота знания, не явленная даже пророкам, получившим откровение. Основная проблема в понимании комментариев, по мнению исследователей, связана с тем, что, раскрывая «тайны» библейского текста, толкователи «зашифровывали» объяснение с помощью терминов, понятных только членам общины. Так, пассаж из пророчества Аввакума (2:17): «Ибо злодейство на Ливане обрушится на тебя самого, и жестокость твоя по отношению к животным устрашит тебя за кровь людскую, за насилие над страной, городом, над всеми его жителями», – толкуется следующим образом: «Это относится к Нечестивому священнику, чтобы воздать ему за содеянное им над бедными; ибо «Ливан» – это совет общины, а «животные» – простецы Иехуды, исполнители закона…». При этом для исследователей остаётся непонятным, кто скрывается под обозначением «Нечестивый священник» или «простецы Иехуды». Не менее загадочны для исследователей фигуры «Человека лжи», «Яростного льва», «Учителя праведности» и др., встречающиеся в разных комментариях и соотносимые исследователями с разными историческими фигурами. Однако, несмотря на то что суть комментариев исследователям нам не всегда ясна в полной мере, эти тексты они считают важным звеном в истории еврейской герменевтики как с точки зрения метода толкования, так и с точки зрения идейного наполнения комментируемого текста.