Первым автором, обладавшим авторитетом учёного и выступившим против караимов, стал Саадия Гаон. Крупнейшим законоучителем персидской караимской общины X в. был Якуб аль-Киркисани. Ему принадлежит капитальный труд по караимскому религиозному праву и экзегезе, разделённый на две части: «Китаб аль-Анвар ва-ль-Маракиб» («Книга светов и башен») – систематическое изложение караимского права и «Китаб ар-Рияд ва-ль-Хадаик» («Книга садов и парков») – комментарий к разделам Торы, не носящим правового характера. «Китаб аль-Анвар ва-ль Маракиб» содержит 13 частей, первая посвящена истории иудейских сект и служит ценным источником по истории караимов. Во второй половине X в. был широко известен в качестве лексикографа и комментатора Писания Давид бен Аврахам аль-Фаси, который жил в Фесе (Марокко). В конце X в. Яфет бен Али из Басры перевёл Библию на арабский язык, снабдив перевод собственным комментарием. С упадком багдадской общины центр караимов переместился в Иерусалим. Даниель аль-Кумиси стал первым караимским учёным, который переселился в Палестину (880 гг.). Он стал идейным вдохновителем движения «Авелей Цион» («Плачущие по Сиону»). Даниель аль-Кумиси был убеждён, что разрушение храма не является основанием для того, чтобы забывать о священном городе. Каждый верующий должен насколько возможно часто совершать паломничества в Иерусалим, размышлять о Торе на Святой земле и оплакивать разрушенный храм. К концу IX в. в Иерусалиме сформировалась значительная караимская община. Иерусалим превратился в важнейший караимский центр. В течение некоторого времени караимы даже возглавляли еврейскую общину города и выступали от её имени перед мусульманскими властями. Лишь в 920 гг. гаон Иерусалимской иешивы, опираясь на поддержку багдадских властей, сумел лишить караимских лидеров их главенствующего положения в еврейской общине Иерусалима. Тем не менее, до конца XI в. караимская община Иерусалима переживала период культурного подъёма. Одним из наиболее выдающихся караимских авторов, оставивших описание иерусалимской общины, был Сахл бен Мацлиах ха-Кохен (910–990 гг.). Первым его известным произведением стало послание к Яакову бен Шмуэлю, лидеру раббанитской общины в Каире и последователю Саадии Гаона. Яаков обвинил Сахла бен Мацлиаха ха-Кохена, приехавшего в Каир и активно проповедовавшего среди местных раббанитов, в стремлении внести смуту в мирную общину. Сахл бен Мацлиах ха-Кохен написал Яакову бен Шмуэлю серию из десяти кратких респонсов и послание на иврите, в которых обращался ко всей общине Каира (чтобы сделать свои идеи доступными для большего числа читателей, Сахл бен Мацлиах ха-Кохен хотел перевести послание на арабский язык, но исследователям не известно, осуществил ли он это намерение). Послание открывается стихотворением, в котором критикуются главные положения раввинистического иудаизма. Основная часть послания включает ответ Яакову бен Шмуэлю и ивритский перевод миссионерской проповеди, которую Сахл бен Мацлиах ха-Кохен произнёс по-арабски перед слушателями-раббанитами. Обличая Яакова бен Шмуэля, Сахл бен Мацлиах ха-Кохен обращается к караимской общине с призывом снять с себя тяжкое бремя, наложенное её учителями, и вернуться к чистой и незамутнённой вере Моисея, имея в виду караимство.