В IX в. начинается процесс постепенного объединения учения караимства в однородную доктрину. У истоков этого процесса стоит Биньямин бен Моше Нехавенди – караимский учёный из города Нехавенд в Персии, который, по свидетельству аль-Киркисани, был прекрасным знатоком как Священного Писания, так и раввинистической традиции. Осведомлённость в учении раббанитов позволила бен Моше Нехавенди создать прочную платформу для систематизации караимской доктрины. Он терпимо относился даже к тем раббанитским традициям, которые не имеют обоснования в Священном Писании (в случаях, когда библейский текст не позволял прийти к определённому решению), однако оставлял за караимами право критически переосмыслить эти традиции. Данное обстоятельство привело к неверному представлению о том, что бен Моше Нехавенди требовал абсолютной свободы и независимости индивидуального изучения Писания. Как показал Ц. Анкори, бен Моше Нехавенди требовал от караимов критической оценки в принятии тех или иных раввинистических мнений, но не позволял такой свободы по отношению к собственным постановлениям. Ц. Анкори приводит знаменитое предписание бен Моше Нехавенди о применении телесных наказаний мужем по отношению к жене, отцом по отношению к детям, хозяином по отношению к рабам, свидетельствующее о том, что караимскому авторитету была чужда либеральность в воспитательных вопросах. Законодательные работы бен Моше Нехавенди – «Сефер мицвот» («Книга заповедей»; книга религиозных установлений) и «Сефер диним» («Книга правил»; книга содержит гражданское и уголовное право). Сочинение «Сефер диним» издано в 1835 г. в Гёзлеве под названием «Массат Биньямин» («Подношение Биньямина»). Оппонентом бен Моше Нехавенди был Даниель бен Моше аль-Кумиси – первый видный караимский законоучитель, поселившийся в Иерусалиме. Бен Моше аль-Кумиси отвергал возможность учёта раввинистических авторитетов и считал, что в случае сомнений в интерпретации библейского текста должно быть принято буквальное толкование закона. По мнению исследователей, бен Моше Нехавенди был единственным караимским учёным IX в., который писал на иврите. Последующее развитие караимской культуры ознаменовано расцветом арабоязычной литературы. Враждебное отношение к светской культуре, характерное для Анана бен Давида и ранних представителей караимства, сменяется интересом к светским наукам, и учёные-караимы способствуют расцвету арабской культуры своего времени. Тем не менее, противники светской культуры сохранялись среди караимов, наиболее известные из них – Даниель аль-Кумиси и Залман бен Йерухам. Придавая особое значение изучению Библии, караимы с большим рвением занимались изучением масоретского текста Ветхого Завета (вопрос об участии караимов в работе над масоретским текстом Ветхого Завета подробно разбирается Паулем Эрнстом Кале, 1959 г.) и грамматическими исследованиями библейского текста. Широкие масштабы миссионерской деятельности караимов побудили раббанитов к вступлению в начатую караимами полемику вопреки общей тенденции игнорировать еретические движения и не уделять им внимания.