Более того, богословское учение, представленное в кумранском тексте (прежде всего, дуалистические представления и вера в предопределение), противоречит вероучительным положениям караимов семи веков, разделяющих караимское движение и образование кумранской религиозной общины, исследователи не могут не принять во внимание, даже несмотря на свидетельства Оригена и Даниеля аль-Кумиси (IX в.) об обнаружении в пещерах еврейских рукописей и общие соображения о сходстве караимов и кумранитов в ряде вероучительных положений. Караимство в первые три века существования не имело систематизированного вероучения и стройной организации. Это обстоятельство исследователи традиционно связывают с отсутствием чётко выраженных критериев в понимании Священного Писания, что при отказе от традиции привело к потере единства внутри общины. Исследователи не исключают, что в привлечении и консолидации сект антираббанитского толка был заинтересован сам Анан, стремившийся придать своему учению характер масштабного религиозного движения. Одной из наиболее значительных караимских сект было движение укбаритов, последователей Ишмаэля аль-Укбари. Расцвет секты приходится на время правления халифа аль-Мутасима (833–842 гг.). Исходя из респонсов аль-Киркисани, исследователи предполагают, что ко времени их написания (вторая половина X в.) секта уже не существовала. Не сохранилось письменных произведений Ишмаэля, поэтому об учении укбаритов невозможно делать сколько-нибудь достоверных выводов. Исследователям известно, что Ишмаэль негативно отзывался об Анане и отвергал масоретские эмендации в библейском тексте, а также выступал против крайней строгости в законах о пище, субботе и праздниках. В Укбаре существовала и другая караимская секта – последователей Мишавайи аль-Укбари, призывавшего в спорных вопросах (например, в определении даты Нового года) руководствоваться раббанитской практикой. Однако Мишавайя аль-Укбари отказался от традиционного исчисления суток, постановив отмечать наступление нового дня не накануне вечером, а с восходом солнца. Исследователи отмечают, что предложение принять раббанитскую практику в спорных вопросах исходило из скептицизма по отношению к обрядовой традиции как таковой («все монеты фальшивые», поэтому для удобства можно отмечать праздники с раббанитами), а не из желания прийти к компромиссу со сторонниками раввинистического иудаизма. Современник Мишавайи аль-Укбари, Абу Имран ат-Тифлиси (житель Тбилиси), известный также как Муса (Моше) аз-Заафрани, во второй половине IX в. основал секту тифлиситов. Абу Имран ат-Тифлиси был учеником Ишмаэля аль-Укбари. Он написал трактат, санкционировавший употребление в пищу мяса, что отвергалось Ананом бен Давидом (последний считал, что после разрушения Второго храма евреи не имеют права есть мясную пищу). Малик ар-Рамли, основатель секты малекитов в Рамле (ныне Рамла, Израиль; вторая половине IX в.), также выступал против пищевых ограничений, введённых Ананомбен Давидом. На караимов в разной степени оказали влияние мистические движения в исламе. В наибольшей степени исламскому влиянию подверглись секты исавитов (последователей Абу Исы аль-Исфахани) и юдганитов.