Последним караимским учёным, проживавшим на территории Османской империи, был Моше бен Элияху Башьячи. В XVI – начале XX вв. караимские общины продолжали существовать в Османской империи на территории современного Египта, Турции и Ирака. Египетская община оставалась крупнейшей до середины XX в., когда началась массовая эмиграция караимов в Израиль (особенно в 1949–1950 и 1955–1956 гг.). В настоящее время в Израиле проживает около 20 тыс. караимов, преимущественно в городах Рамла и Ашдод. В XIII в. значительное число караимов, главным образом, из Византийской империи, поселилось в Крыму. В столице крымских ханов Солхат (ныне Старый Крым) караимская община, по мнению исследователей, существовала ещё в XIII в. (ха-Рофе упоминает в книге «Сефер ха-Мивхар» о календарном споре между караимами и раббанитами Солхата в 1278 г.). Крупнейшие караимские общины существовали в городах Чуфут-Кале (Кырк-Ер; название у караимов – Села-ха-Йехудим («Скала евреев»)), Кафа (ныне Феодосия), Мангуп (Феодоро) и Гёзлев (ныне Евпатория). Благодаря географической близости к столице Крымского ханства Бахчисараю община в Чуфут-Кале стремительно набирала экономический и политический вес. В XVIII в. главы местной общины носили титул «надёжный (или утверждённый) правитель», синонимичный турецкому «ага». Следовательно, лидер общины города Чуфут-Кале занимал положение светского лидера всех общин ханства. Глава общины Шмуэль Ага (1716–1769 гг.) и его сын Биньямин Ага (1749–1824 гг.) были придворными банкирами ханов и занимались чеканкой монет для ханского двора. Чуфут-Кале стал центром караимов Крыма; ещё в XIX в. его население состояло почти исключительно из караимов. Поселение караимов в Литве связывается караимской традицией с походом в Крым литовского князя Витовта Великого (1398 г.), который переселил в Литву несколько сот татарских и караимских семей. Местом проживания караимов в Литве стали города Троки, Луцк и Галич. Польско-литовская община получила статус интеллектуального центра караимства. Первым выдающимся караимским учёным в Литве был Ицхак бен Аврахам Троки, известный благодаря своему полемическому трактату «Хиззук эмуна» («Укрепление веры»), содержащему критику христианства. В конце XVIII в. появились сочинения, выражающие самосознание караимов. В 1699 г. Мордехай бен Нисан Кукизов написал два сочинения о караимстве, одно из которых было ответом на вопросы шведского короля Карла XII. В 1700 г. Шломо бен Ахарон Троки написал трактат о караимстве и его принципиальных отличиях от раввинистического иудаизма. В этом же ключе, но уже с ориентацией на читателей-караимов написано сочинение Симхи Ицхака бен Моше Луцкого «Орах цаддиким» («Путь праведных»). Автор изложил историю караимства и дал обзор деятельности караимских учёных в различных странах; к трактату прилагался алфавитный перечень всех сочинений, написанных караимами. До конца XVIII в. евреи-раббаниты и евреи-караимы не противопоставлялись по политическому положению и по гражданским правам в каком-либо государстве.