Караимские общины Крыма, принадлежавшего Османской империи, по общественному положению мало чем отличались от еврейских общин, проживавших в центральной части Османской империи. Караимы Польши и Литвы во многом разделили судьбу ашкеназского еврейства этого государства (в частности, это касалось изгнания евреев из Литвы в 1495 г. и погромов на Украине в 1648 г.). Общность судьбы сплачивала еврейские и караимские общины, отношения между которыми были дружественные. Так, центр литовско-караимской интеллектуальной культуры в Луцке находился под ощутимым раббанитским влиянием. Присоединение Крыма (1783 г.) и Литвы (1793 г.) к Российской империи определило судьбу караимских общин Восточной Европы в Новое время. Как внешняя история общин, так и особенности их внутренней жизни теперь зависели от политики одного государства, что привело к сглаживанию исторически определившихся различий между крымской и литовской общинами. Одним из первых шагов новой власти по отношению к караимам было признание их особого правового статуса по сравнению со статусом раббанитов. Первые годы существования при новой власти требовали больших усилий по восстановлению традиционного образа жизни крымских караимских общин. В ходе военных действий 1771–1783 гг. серьёзно пострадала община Кафы, а в Мангупе община фактически перестала существовать. К караимам стали добиваться отмены двойного налогообложения евреев, введённого императрицей Екатериной II в 1794 г. (см. в ст. Иудаизм раввинистический, раздел «Иудаизм в России»). В 1795 г. в Санкт-Петербург была направлена делегация во главе с Биньямином Агой и Ицхаком бен Шломо. В отличие от крымских ханов российская власть была готова признавать различия между двумя еврейскими деноминациями. В том же году Екатерина II освободила караимов (число которых к этому времени достигало 2400 человек) от уплаты дискриминационного налога и разрешила приобретение земельной собственности. Этот политический шаг негативно сказался на отношениях между раббанитами и караимами. Последние отказались от своего еврейского самосознания и добились изменения официального названия общины: вместо «евреи-караимы» они стали называться «русские караимы ветхозаветного вероисповедания», а позднее – просто «караимы». Впоследствии караимы получили ряд дополнительных привилегий. В 1827 г. караимы Крыма, а в 1828 г. – караимы Литвы и Волыни были освобождены от рекрутской повинности, введённой для всего еврейского населения империи. В 1837 г. было издано Положение о Таврическом и Одесском духовном правлении. Караимам в Таврической губернии были предоставлены некоторые права крымского мусульманского духовенства, в том числе право религиозного самоуправления (Положение фактически копировало российское законодательство о мусульманском духовенстве). Главой караимского духовенства губернии стал гахам (искажённое официальное написание древнеевр. – мудрец). Эта должность соответствовала прежнему титулу, прежний титул продолжал употребляться в караимской среде. Гахам избирался представителями караимских общин и утверждался министром внутренних дел.