Развитие знаменной мелизматики, наряду с другими мелизматическими певческими традициями (путевым распевом и демественным пением), связанное, как полагают исследователи, с влиянием греческого калофонического пения и культивировавшее орнаментальные вставки в текст песнопений, распеваемые на различные слоги («не-на», «хо-бу», «хе-бу-ве» и т.п.), вызвало ряд полемических выступлений. Аноним, составивший во второй половине 1600 гг. послание патриарху Ермогену о включении в столповое пение распева «хабува» («ине хебуве»), писал о том, что «та фита хабува… по разуму в слове раскол чинит», и что бывшие тогда в России греческие иерархи отрицали присутствие подобных слов в греческом языке, книгах «конархистных» и певчих. Он возражал не против самого распева фиты, а против её подтекстовки – вставки в текст песнопений Стихираря ничего не значащих слогов, искажающих и затемняющих его смысл. Ермоген во время своего патриаршества заботился об исправности богослужения, в том числе возражал против многогласия, распространение которого было обусловлено непомерно разросшейся певческой составляющей чинопоследований («Послание наказательное… об исправлении церковного пения»). За появлением разнообразных вариантов распева богослужебных текстов, особенных мелодических версий песнопений, отличавшихся от традиционной, вскоре последовала реформа нотации знаменного распева. После оформления обновлённой системы нотации во второй половине XV в. в запись песнопений вносились небольшие изменения, процесс редактирования записи знаменных песнопений на протяжении XVI в. был постоянным, однако связаны они были преимущественно с уточнением графической фиксации традиционного мелоса. Значительные отклонения от традиционных редакции песнопений, создание новых мелодических версий текстов, трансформация формульной системы, умножение вариантов требовали новых способов их адекватной записи в певческих рукописях. Поиск средств, позволявших более точно отображать особенности напевов и метаболы звукоряда (перенесение его на другие ступени) в невменной графике, в древнерусской знаменной культуре привёл к созданию комплекса специальных знаков, дополнявших и детализировавших содержание знамен и мелодических формул с точки зрения приёмов исполнения, ритма и звуковысотности, – системы киноварных помет («подметных согласных слов»): первоначально, в первой половине XVII в., «указательных» («борзо», «тихо», «скоро», «ровно», «высоко», «ниско» и т.п.). Введение «степенных» помет, необходимых для того, чтобы «иже бы знамя по согласию коегождо гласа истинно пети, а неистинно поющих в пении обличати», приписываемых в азбуках новгородцу Ивану Шайдуру и некоему Леонтию, коренным образом изменило понимание звукового пространства знаменного распева, превратив его из воспринятого «древле… Пресвятаго и Животворящаго Духа вдохновением» нерасчленённого драгоценного «вещества» («божественного пения») в шкалу («лествицу») нейтральных по смыслу «согласных слов», «степеней», а знамена – в ряд дискретных единиц с точно определённым, но заметно утратившим зависимость друг от друга высотным положением. Неделимое звуковое «вещество» стало описываться, разделяться и обозначаться с помощью отдельных «согласных слов», или «согласий».