Успенский храм холодный, одноэтажный, напоминает соборы XVI в., прежде всего, Святой Софии, и отличается упрощённой отделкой и небольшими размерами. Кубический объём завершён кокошниками и пятиглавием с массивными барабанами, украшенными аркатурой. Тёплый одноглавый северный придельный храм во имя Сергия Радонежского (начат в 1692 г., достроен в 1697–1698 гг., освящён в 1712 г.) – работа подмастерья Василия Карпова с мастерами Спасо-Прилуцкого монастыря. Вторая половина XVII в. – время интенсивного строительства в архиерейском дворе (кремле). Большой трёхэтажный Симоновский корпус (или архиерейские палаты, 1667–1671 гг.) с одноглавой крестовой церковью в честь Рождества Христова построен архиепископом Симоном. Церковь возвышается над корпусом в виде куба, увенчанного луковицей на барабане. Надвратная Крестовоздвиженская церковь (1687–1692 гг.) отличалась сдержанным убранством. Каменная шатровая колокольня собора Святой Софии (1654–1659 гг.) построена архиепископом Маркеллом при поддержке царя Алексея Михайловича с использованием запасов камня, сделанных Иваном Грозным. В настоящее время сохранились 25 из 26 колоколов: Большой, или Праздничный (весом 7,6 т), отлит в Любеке специально для Вологды в 1687 г., остальные – с 1637 по 1756 гг. преимущественно в Вологде и Москве, в том числе Большая Лебедь работы Ивана Моторина, автора Царь-колокола. В отличие от соборной колокольня Владимирской церкви (того же времени), по некоторым данным, была сооружена по принципу «золотого сечения» и не была перестроена. Высокий восьмерик на низком четверике, заканчивающийся арками звона и покрытый шатром со «слухами», увенчан небольшой главкой. Всего на 52 колокольнях Вологды (включая соборную) было 353 колокола, весивших около 60,5 т (почти все утрачены в советское время). С 1658 г. из Ростовской в Вологодскую епархию перешло Белозерье. Новый величественный Спасо-Преображенский собор в Белозерске (1668 г. – конец 1670 гг.) был сооружён в центре кремля при участии царя Алексея Михайловича в несколько архаизированных формах: массивный, статичный куб, пять широко расставленных тяжёлых глав. Декоративное убранство фасадов довольно скупое и архаичное: суховатые по рисунку пилястры и закомары, перспективные порталы, более нарядные барабаны глав с маленькими кокошниками у основания. С XVII в. началось каменное строительство в ряде регионов, например, в Тотьме, где первой каменной постройкой стала Преображенская церковь Спасо-Суморина Феодосиева монастыря (1685–1689 гг.). В композиции и в декоре собора в честь Рождества Пресвятой Богородицы в Устюжне (1685–1691 гг.), пограничной с ярославскими землями, исследователи видят черты зодчества соседнего региона. Особое место в русском зодчестве занимает строгановский стиль. В 1688–1693 гг. Григорием Дмитриевичем Строгановым был построен Введенский монастырский собор в Сольвычегодске. Бесстолпный на высоком подклете храм увенчан пятиглавием с золочёными ажурными крестами и окружён с трёх сторон двухъярусной крытой галереей. Конструкция перекрытий трёхсветного храма создаёт необычайно просторный и светлый интерьер. Не имеет равных на Русском Севере белокаменный, майоликовый, изразцовый, лепной, с западноевропейскими декоративными элементами декор фасадов.