Вынужденный длительный перерыв в «каменном деле» привёл к тому, что общая композиция, конструктивное решение сводов и основные элементы декора почти точно повторили соседнюю церковь во имя равноапостольного князя Владимира. На следующий год в тех же формах, но с шатровым верхом (наподобие Зосимо-Савватиевской церкви в Троице-Сергиевом монастыре) была воздвигнута больничная церковь во имя Евфимия Великого. В середине XVII в. получил завершение ансамбль Ферапонтова монастыря. К южной стене собора Рождества Богородицы была пристроена шатровая церковь во имя преподобного Мартиниана (1640–1641 гг.) над его захоронением (сохранилась рака 1646 г. и сень над мощами Мартиниана). Были выстроены двухпролётные св. врата (1649–1650 гг.) с надвратными храмами в честь Богоявления и во имя преподобного Ферапонта – одним из первых шатровых надвратных храмов, увенчанным двумя изящными одинаковыми шатрами на низких восьмериках с кокошниками. С 1668 г. церковь Богоявления служила домовой опальному патриарху Никону (ныне действует). В 1627 г. в Вологде и на посадах был один каменный Софийский собор, 59 деревянных церквей, четыре монастыря – Троице-Герасимовский (с 1147 г.), Ильинский (1550 г.), Горний Успенский и Галактионова пустынь (Свято-Духов), не считая пригородного Спасо-Прилуцкого. В XVII в. окончательно сформировалась структура города, главной осью которого стала река Вологда. Укреплённое поселение располагалось в границах современных улиц Ленинградской, Октябрьской и Мира. Раннее формирование города и Верхнего посада (выше по правому берегу реки Вологды) привело к тому, что на небольшой площади оказалось свыше 30 каменных церквей, которые композиционно подчинялись Софийскому собору и располагались на трёх уровнях (от кромки берега до 500 м от собора), образуя единую панораму. Радиальная структура улиц Верхнего посада, а также ряд улиц Заречья (на низком левом берегу) и Нижнего посада (ниже устья реки Золотухи по правому берегу) были ориентированы на собор Святой Софии, который просматривался с любой точки. Большинство церквей (20 – на Нижнем посаде и 14 – в Заречье) тяготело к реке, только кладбищенские церкви, которые логически замыкали городское пространство, были удалены от реки, в Заречье. Храмы соседствовали с мостами, переправами и пристанями. Некоторые церкви имели «парное» расположение на противоположных берегах. Вдоль дорог из города, на берегах реки, формировались слободы Рощенье, Новинки, Владычная, Рассыльничья, Козлена, Фроловка и др., где также были построены храмы, постепенно входившие в общую городскую структуру.