По преданию, Иваном Грозным в Кириллове сооружена двухглавая на подклете церковь во имя Сергия Радонежского с приделом во имя Дионисия Глушицкого и трапезная (1560 г., действует). Церковь во имя Иоанна Лествичника с приделом во имя Феодора Стратилата (1569–1572 гг.) над св. вратами сооружена на вклад царевичей Ивана и Фёдора, сыновей Ивана Грозного. Исследователи находят необычными две прямоугольные апсиды за границами ворот на отдельном подклете и формы внутренних столпов: восточные – четырёхгранные, западные – круглые, в виде колонн. Наряду с нишами-филенками на фасадах (при этом завершённых кокошниками) это, по мнению исследователей, – следы итальянского влияния «второй волны». К Вологодской епархии относился и Сольвычегодск (ныне в Архангельской области), расцвет которого был связан с соляными промыслами, принадлежавшими Строгановым. Аникой (Иоанникием) Строгановым в подражание кремлёвским соборам был сооружён девятипрестольный Благовещенский собор (1560–1584 гг.) 30-метровой высоты. Четверик на высоком подклете увенчан световым пятиглавием и окружён двухъярусными галереями. Объём храма необычно развит по оси «север-юг», стены почти лишены декора. Это один из первых двухстолпных храмов, такая конструкция позволяла освободить внутреннее пространство. Собор, сохранивший фрагменты росписей и внутреннего убранства, стал одновременно ризницей и родовой усыпальницей Строгановых. К числу двухстолпных церквей исследователи относят также надвратные Вознесенскую церковь Спасо-Прилуцкого монастыря (1590 г.; первоначально во имя Феодора Стратилата, небесного покровителя царя Фёдора Ивановича) и Преображенскую церковь Кириллова Белозерского монастыря с приделами святителя Николая и великомученицы Ирины – небесной покровительницы царицы Ирины Годуновой; 1595 г.; строилась местными мастерами под наблюдением старца Леонида (Ширшова). Они представляют собой редуцированный вариант церкви Иоанна Лествичника. Церковь Феодора Стратилата, первая двухстолпная постройка времени Фёдора Ивановича, увенчана одной световой главой. Прямоугольный в плане храм без алтарных апсид стал образцом для надвратных церквей конца XVI в. Три высокие апсиды Преображенской церкви перекрыты двухскатными кровлями, фасады завершены двумя рядами кокошников, благодаря двухстолпной композиции три главы (центральная световая) резко смещены к востоку. Объёмы притвора и алтаря поставлены на собственных подклетах. В 1580 гг. продолжалось каменное строительство в Кирилловом Белозерском и Спасо-Прилуцком монастырях.