По образцу псковского зодчества храм перекрыт сложным коробовым сводом со ступенчатой распалубкой, фасады завершены рядами кокошников. В середине XVI в., раньше, чем в Вологде, началось каменное строительство в пригородном Спасо-Прилуцком монастыре. Собор во имя Спаса Всемилостивого (1537–1542 гг.) по размерам превосходит соборы Кириллова Белозерского и Ферапонтова монастырей; типологически близок к московским постройкам первой половины XVI в., но отличается лаконизмом обработки фасадов (двухэтажный кубический на высоком подклете, окружён крытой двухъярусной галереей, завершён пятью шлемовидными главами на круглых барабанах, с оформлением стен лопатками и рядами полукруглых кокошников). Двухэтажная одноглавая Введенская церковь и трапезная на общем подклете (1544–1545 гг.), как полагают исследователи, были построены также по типу церквей Кириллова Белозерского и Ферапонтова монастырей. К архаизирующему направлению ростовской школы принадлежит Воскресенский собор (1543–1544 гг.) Горицкого монастыря, обетный храм княгини Евфросинии Старицкой (сохранился в перестроенном виде), кубическое четырёхстолпное здание которого на подклете отличается упрощённым декором и наличием повышенных подпружных арок. В архитектуре соборов Горицкого и Спасо-Прилуцкого монастырей «восстанавливается преемственность с архитектурой Белозерья конца XV в., прерванная в 1530 гг. итальянизирующим влиянием». Как полагают исследователи, новгородскими мастерами (ростовчанами Горяином Григорьевым Царёвым и Третьяком Борисовым Ростовкой?) построен древнейший сохранившийся приходский храм Вологодской епархии – действующая в настоящее время Успенская церковь в городе Белозерске (после 1552–1553 гг.). В строгой монументальной постройке исследователи видят черты новгородского зодчества и одноимённых соборов Кириллова Белозерского монастыря, по образцу которых она возводилась, и отчасти Москвы. Массивный кубический объём завершён пятью крупными луковичными главами на приземистых барабанах, сильно выступают три пластичные апсиды. Мощные стены разделены широкими лопатками и лишены декора, в их толщу «врезаны» перспективные порталы упрощённого рисунка. В храме сохранились большой колокол из Пскова (1544 г.) и барочный иконостас. Почти одновременно с белозерским был возведён Введенский собор Корнилиева Комельского монастыря (1552–1557 гг., не сохранился) – четырёхстолпный пятглавый трёхапсидный храм без подклета, с лапидарной декорацией, напоминавший монастырские храмы Ростовской епархии. Там же во второй половине XVI в. соорудили двухэтажную трапезную палату с церковью во имя Антония Великого, келарскую палату и настоятельские покои.