6 октября 1999 г. решением Священного Синода открыт Воскресенский Горицкий женский монастырь, 26 декабря 2003 г. Павло-Обнорское подворье Спасо-Прилуцкого монастыря преобразовано в Свято-Троицкий Павло-Обнорский мужской монастырь. 6 марта 2003 г. освящён новопостроенный храм в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» на территории женской колонии в Вологде. 27 августа 2003 г. заложена часовня на горе Золотуха, близ Кириллова, на месте расстрела священномученика Варсонофия и преподобномученицы Серафимы. При храме во имя святителя Николая во Владычной слободе находится епархиальный центр социальной помощи населению, в составе которого – патронажная служба, кабинет медико-социальной помощи престарелым, инвалидам, неимущим, благотворительная трапезная. При церкви в честь Покрова Пресвятой Богородицы на Торгу действует пункт помощи лицам, страдающим от алкогольной и наркотической зависимости. Заключены соглашения о сотрудничестве между епархией и областным управлением здравоохранения, Комитетом по делам молодёжи, Управлением внутренних дел, Управлением Министерства РФ по налогам и сборам по Вологодской области, Управлением исполнения наказаний Минюста РФ по Вологодской области, Вологодским институтом права и экономики Минюста РФ, подписаны совместные заявления о взаимодействии с Вологодской таможней, Управлением Государственного комитета РФ по контролю за оборотом наркотиков по Вологодской области. 9 сентября 1998 г. были обретены мощи Вологодского епископа Антония, крестным ходом они были перенесены в храм святителя Николая во Владычной слободе в Вологде. 21–22 февраля 2000 г. в Лазаревском храме Вологды совершен чин прославления священника Александра (Баданина) как местночтимого святого. В 2000–2002 гг. по подготовленным в Вологодской епархии материалам были канонизированы в Соборе новомучеников и исповедников Российских XX в. 17 угодников Божьих. В Вологодской епархии особое внимание уделяется церковно-краеведческой и просветительской работе. Подписаны соглашения о сотрудничестве между епархией и департаментами культуры и образования Вологодской области, Областным детско-юношеским духовно-просветительским центром «Северная Фиваида». В Спасо-Прилуцком монастыре ежегодно проводятся Димитриевские образовательные чтения и областные краеведческие чтения, с 1998 г. – фестиваль церковного пения. В 2000 г. в Вологде прошла Всероссийская церковно-научная конференция «Христианство и культура Русского Севера», организованная с участием Вологодского епархиального управления. В 2001–2004 гг. состоялись научные конференции по проблемам образования и воспитания, посвящённые памятникам церковной археологии и искусства Русского Севера, Игнатию (Брянчанинову). В Великом Устюге проходят Прокопиевские научные чтения, в Ферапонтове – Ферапонтовские чтения, в Череповце – Таисиевские чтения. С 1993 г. на областном телевидении ежемесячно выходит православная передача «Свет Христов», с 2001 г. Вологодский городской телеканал выпускает цикл передач о православии «Воскресение». С июня 1996 г. на областном радио выходит еженедельная православная программа в рубрике «Северная Фиваида».