Последний предвоенный Вологодский епископ Георгий епархией фактически не управлял, в сентябре 1940 г. был уволен на покой. До 1945 г. Вологодская кафедра не замещалась. В 1923 г. в Вологде была зарегистрирована 41 община. Вскоре началась масштабная кампания по закрытию храмов: в начале 1924 г. были закрыты Софийский собор, в котором предполагали устроить филиал антирелигиозного музея, Спасо-Всеградский собор, Иоанно-Предтеченская Рощенская, Никольская Сенноплощадская и Афанасиевская (через некоторое время разрушенная) церкви и ещё 12 храмов и три часовни. 19 декабря 1924 г. в стенах упразднённого Кириллова Белозерского монастыря был основан Кирилло-Белозерский музей-заповедник. В эти же годы были разрушены первые храмы. Все религиозные общины Вологды должны были в срочном порядке ремонтировать храмы, в противном случае либо договор на пользование церковным имуществом расторгался, либо община должна была «добровольно» отказаться от храма. В 1928 г. в Вологде под разными предлогами было закрыто пять церквей, с марта 1929 г. по март 1930 г. – 32 храма, в 1932–1937 гг. было снесено шесть храмов. К 1938 г. патриаршей церкви принадлежали кладбищенские нижний храм Рождество-Богородицкой церкви и Лазаревский храм, обновленцы служили в Воскресенском соборе, в кладбищенской Введенской церкви, часть которой использовали также григорианцы, и в верхнем храме Рождество-Богородицкой церкви 5 марта 1938 г. были закрыты обновленческие Воскресенский собор, Введенская церковь, 2 декабря 1938 г. – холодный храм (второй этаж) церкви Рождества Богородицы, вскоре и Лазаревская церковь. К 1940 г. в Вологде действовал только храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Вологодская обновленческая епархия входила в состав Северо-Западного митрополитанского округа. Её возглавляли: Корнилий Попов (конец 1922 – 1923 гг.), «архиепископы Вологодские и Кадниковские» Иоанн Миртов (1923–1926 гг.), Александр Лавров (1926–1928 гг.), Александр Шубин (1927–1930 гг.), Павел Громов (1931–1933 гг.), Владимир Злобин (1933–1934 гг.), «епископ» Александр Самонов (1934–1938 гг.). В обновленческой епархии действовало Тотемское викариатство. В годы Великой Отечественной войны в органы власти Вологодской области поступали многочисленные просьбы об открытии храмов. В 1942 г. в области открылась одна церковь, в 1943 г. – две, в 1945 г. – три, в 1946 г. – пять церквей. В 1945 г. на Вологодскую кафедру был назначен архиепископ Иустин (Мальцев). На территории епархии действовали 17 храмов. Жизнь в епархии активизировалась в 1949 г., когда Вологодским епископом стал Гавриил (Огородников), укрепивший клир епархии за счёт приглашения священнослужителей с высшим духовным или светским образованием и многолетним опытом церковной деятельности. Проводилась планомерная работа по подбору и направлению молодёжи в духовные семинарии. Учащиеся в духовных семинариях помимо установленной стипендии получали регулярную материальную поддержку. Священнослужители выезжали в сёла, совершали богослужения, распространяли церковную литературу, организовывали беседы на религиозные темы. В апреле 1956 г. епископ Гавриил через патриарха ходатайствовал перед Советом по делам Русской православной церкви об открытии на территории Вологодской области ещё 21 церкви.