В 1888 г. начало работу Вологодское епархиальное женское училище (преобразовано из приюта при Горнем женском монастыре), в 1901 г. в нём насчитывалось 236 воспитанниц. В 1893 г. при училище организована женская одноклассная церковноприходская образцовая школа. В 1888 г. открылось Великоустюжское епархиальное трёхклассное женское училище (преобразовано из учебно-воспитательного приюта при Иоанно-Предтеченском монастыре, с 1896 г. – шестиклассное), в 1901 г. в нём обучались 227 воспитанниц. С 1896 г. при училище действовала начальная одноклассная образцовая школа для девочек. Сеть церковноприходских учебных заведений в епархии начала создаваться в 1840 гг., в этот период открылось около сотни церковных училищ и четыре церковноприходские школы. В 1860 г. епископ Христофор издал распоряжение об обязательном открытии при монастырях и приходах училищ и школ для обучения «штатнослужительских» и «поселянских» детей. В начале 1860 гг. были созданы училища при Сямском в честь Рождества Пресвятой Богородицы, Арсениево-Комельском, Спасо-Суморином, Пельшемском, великоустюжских Иоанно-Предтеченском и Николаево-Прилуцком монастырях, 15 школ при приходских храмах. В 1865 г. в епархии действовали сотня училищ и 316 церковноприходских школ, в которых обучались 7546 мальчиков и 1111 девочек. В 1860 гг. сложилась система начальной школы: наряду с церковноприходскими открывались школы грамотности. В 1887 г. в Вологодской епархии действовали 186 церковноприходских школ, 37 школ грамоты, в 1888 г. – 217 церковноприходских, 25 школ грамоты, в 1892/1893 гг. – 394 церковноприходские школы и 201 школа грамоты. В 1885–1894 гг. в Вологодской епархии было открыто около трёхсот церковноприходских школ, с конца 1880 гг. школы грамоты реорганизовывались в церковноприходские. В 1880–1890 гг. по решению Великоустюжского, Сольвычегодского, Яренского земств часть земских школ была передана в ведение епархиального училищного совета. Для подготовки преподавателей для церковных школ в епархии в 1872–1875 гг. были открыты Тотемская и Череповецкая учительские семинарии, в 1883 г. – Вытегорская учительская семинария. В 1911–1912 гг. начали работу Никольская мужская и Великоустюжская женская учительские семинарии. В последнем десятилетии ХIХ в. в епархии осуществлялась массовая подготовка учителей для начальных классов – создавались церковно-учительские и второклассные училищные школы. С 1890 гг. земство и епархиальный училищный совет проводили педагогические курсы для учителей и учительниц сельских школ. С 1893 г. устраивались одно- и двухгодичные курсы для «лиц, по происхождению и образу жизни близких к народной массе». Учебные заведения Вологодской епархии находились в ведении епархиальных архиереев, управлявших ими через епархиальные училищные советы и их уездные отделения, также действовала церковно-школьная инспекция. В 1888 г. наблюдение за церковноприходскими школами северо-восточных уездов Вологодской епархии было передано в ведение Великоустюжского епископа, викария Вологодской епархии. Первоначально духовные учебные заведения содержались на средства епархии. Во второй половины XIX – начале XX вв. значительную часть расходов по содержанию церковноприходских школ брали на себя земские учреждения Вологодской губернии.