В 1919 г. развернулась кампания по вскрытию мощей, натолкнувшаяся на сопротивление верующих. В апреле при исполнении постановления Вельского исполкома увезти вскрытые 7 марта мощи Прокопия Устьяновского в Вологду «населением было оказано сопротивление, выразившееся в избиении коммунистов», св. мощи были оставлены на месте. 15 июня произошёл конфликт верующих с властями в Новоезерском Воскресенском монастыре. В мае 1920 г. собрание православных приходов добилось от властей разрешения поместить мощи Феодосия Тотемского, вынесенные из Спасо-Суморина монастыря, в одном из городских храмов. В 1921–1922 гг. вологодское духовенство активно включилось в сбор средств в пользу голодающих в Поволжье. В 1921 г. проходили сборы в храмах, в феврале 1922 г. состоялись два духовных концерта в пользу голодающих. Однако это не помешало властям провести в губернии массовое изъятией церковных ценностей. Из храмов Вологды с 17 марта по 1 июня 1922 г. было изъято 3 фунта 85 золотников 42 доли золота, 110 пудов 4 фунта 91 золотник 27 долей серебра, 2 фунта жемчуга россыпью, 1 пуд 2 золотника 10 долей жемчуга в шитье, 5269 драгоценных камней, из них 1165 бриллиантов, 586 алмазов, 363 рубина. Из храмов Вологодской губернии было изъято 4 фунта 42 золотника золота, 393 пуда 20 фунтов серебра, 5 фунтов 86 золотников серебра с жемчугом, 5003 драгоценных камня, 4 фунта 21 золотник жемчуга, 29 фунтов 10 золотников жемчуга в шитье. В 1922–1924 гг. в Вологде прошли несколько судов по обвинению клириков Вологодской епархии и мирян – членов приходских советов в сокрытии церковных ценностей: в апреле 1922 г. состоялся судебный процесс над настоятелем Никольской Глинковской церкви протоиереем Симеоном Видякиным и членами приходской общины; в мае того же года на особой сессии Вологодского совнарсуда слушалось дело по обвинению настоятеля кафедрального собора протоиерей Фёдора Казанского и членов приходского совета в сокрытии книг по описи драгоценностей кафедрального собора; последний процесс подобного рода прошёл 23 января 1924 г., когда на заседании судебной коллегии уголовного отдела Вологодского губернского суда рассматривалось дело по обвинению священника Богородской Нижнедольской церкви Александра Дмитриевского. В 1921 г. Вологодский епископ Александр (Трапицын) под давлением властей и агитаторов обновлёнского толка был вынужден уйти на покой, в 1923 г. он был арестован и сослан. Кафедру занял епископ Александр (Надеждин), в ноябре 1922 г. присоединившийся к обновленчеству. Обновленцы захватили Софийский собор, 1 августа 1922 г. открыли епархиальное управление, в 1922–1923 гг. издавали в Вологде журнал. Приходы, сохранившие верность патриарху Тихону, перешли под временное управление викарного Вельского епископа Николая (Караулова). 29 марта 1925 г. состоялось собрание вологодского духовенства и мирян, верных канонической церкви, на котором Вологодским архиепископом был избран Сильвестр (Братановский), управлявший Вологодской епархией до 1928 г. После перевода архиепископа Сильвестра на Калужскую кафедру Вологодскую епархию возглавил архиепископ Амвросий (Смирнов), арестованный в 1931 г. С этого времени епархией в течение двух лет управлял Кронштадтский епископ Венедикт (Плотников; 4 апреля 1933 г. возведён в сан архиепископа, 16 июня назначен архиепископом Вологодским, через четыре месяца переведён в Новгородскую епархию).