В 1738 г. в епархии действовали 42 мужских и два женских монастыря и пустыни, в 1835 г. – 19 мужских монастырей и пустыней (в том числе девять заштатных) и две женские обители, в 1910 г. – 16 мужских монастырей и пустыней (в том числе девять заштатных) и пять женских обителей (в том числе три заштатные). В 1724 г. в Вологде при архиерейском доме начала работу школа для детей священно- и церковнослужителей, закрывшаяся в следующем году. В учреждённой в 1730 г. при архиерейском доме семинарии существовали славяно-российское и славяно-латинское отделения, где в 1739 г. обучались 29 человек. Для повышения уровня преподавания епископ Пимен послал несколько студентов в Московскую академию. В 1751 г. в Вологодской духовной семинарии открылся философский класс, в 1778 г. – богословский класс. В 1798 г. построено здание семинарии. Главным источником содержания семинарии с момента её основания были монастырские и церковные хлебные сборы. По штатным окладам 1765 г. на содержание Вологодской духовной семинарии полагалось 716 руб. 93 коп. в год. В 1865 г. в семинарии учились 140 воспитанников, в 1900 г. – 523 воспитанника. В начале ХХ в. в семинарии много внимания уделялось полемическому богословию и обличению раскола. В 1861 г. начала работу ученическая библиотека, устроенная по инициативе учащихся духовной семинарии. В 1880 гг. при духовной семинарии открылась образцовая школа. В 1788 г. открылась школа в Великом Устюге, преобразованная из Великоустюжской семинарии. Преподавание в ней велось на базе семинарских курсов. В 1806 г. школа была преобразована в духовное училище. В 1813 г. в училище насчитывалось 247 воспитанников, в 1900 г. – 148 воспитанников. Программа изучалась в семи основных классах: богословском, философском, риторическом, пиитическом, высшем грамматическом, среднем грамматическом, низшем грамматическом и трёх классах «необязательных»: греческом, немецком, французском. В начале ХIХ в. в Вологодской епархии начала складываться сеть низших духовных учебных заведений. В 1805 г. по инициативе протоиерея тотемского Богоявленского собора Максима Савинова в Тотьме было открыто уездное училище, в 1807 г. начало работу первое в Вологодской епархии приходское училище. Вскоре приходские училища появились в Вологде (одно открылось в 1807 г., второе – в 1838 г.), в Верховажском посаде (1810 г.), три училища в Великом Устюге (1810 г., одно закрылось в 1814 г.), в Вельске (существовало в 1816–1831 гг.), в Грязовце (1823 г.), в Никольске (1837 г.), в Красноборске (1847 г.). Приходские мужские училища были организованы в городах Лальске (1834 г.), Кадникове (1835 г.), Усть-Сысольске (1835 г.). Женские приходские училища существовали в Кадникове (1838 г.), Грязовце (1840 г.), Яренске (1843 г.), Великом Устюге (1844 г.), в Вологде в 1843–1852 гг. при мужском приходском училище действовала женская приходская школа. В ходе реформы духовно-учебных заведений в Вологодской епархии были созданы уездные духовные училища: Вологодское (1814 г.), Тотемское (1815 г.), Никольское (1822 г.), Яренское (1821 г., в 1871 г. переведено в Усть-Сысольск), Вельское (существовало в 1822–1879 гг.). При епископе Палладии при уездных училищах открылись приготовительные классы.