Активное возрождение церковной жизни на Вологодчине началось в 1988 г., открывались храмы, духовенство стало принимать участие в общественной жизни области. 3 июля Вологодский архиепископ Михаил (Мудьюгин) совершил местное прославление блаженного Николая Рынина. 17 июня 1990 г. состоялся общегородской крестный ход. 29 января 1991 г. определением Священного Синода возобновилась монашеская жизнь в Спасо-Прилуцком монастыре. В феврале того же года вышел в свет первый номер епархиальной газеты «Благовестник», издававшейся в 1991–1992 гг. совместно с вологодским отделением Всероссийского общества охраны памятников истории и культуры. 29 апреля 1988 г. из запасников Вологодского музея-заповедника РПЦ были переданы мощи Феодосия Тотемского, в 1994 г. они были перенесены в Свято-Троицкий храм Тотьмы, в 2003 г. – в храм Рождества Христова Тотьмы. 15 октября 1990 г. вышло определение Священного Синода об открытии в Вологде духовного училища, реорганизованного в 1994 г. К началу XXI в. больше половины духовенства епархии являлись выпускниками Вологодского православного духовного училища. В августе 1997 г. выпускники и учащиеся ставленнического отделения училища совершили миссионерское путешествие по реке Сухоне, за время которого миссионеры окрестили 136 человек. 26 января 1992 г. состоялось открытие первой в епархии воскресной школы при кафедральном соборе, в 2004 г. в епархии действовали 35 воскресных школ. 13 июня 1991 г. из запасников Череповецкого краеведческого музея были возвращены церкви мощи Евфросина Синоезерского, ныне почивающие в Казанской церкви в Устюжне. 12 декабря 1991 г. состоялась передача епархии икон и церковной утвари из запасников областного краеведческого музея. В марте следующего года было освящено новое здание епархиального управления. В 1992 г. на территории Вологодской епархии действовало 65 храмов. В августе 1992 г. Вологодскую епархию посетил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, первосвятитель побывал в селе Покровском – бывшей усадьбе Брянчаниновых, родине святителя Игнатия. 10 апреля 1993 г. на Вологодскую кафедру был назначен епископ Максимилиан (Лазаренко; с 24 февраля 2004 г. – архиепископ). В управлении епархией архиерею помогают епархиальные комиссии: по миссионерской, антисектантской и антираскольнической деятельности, по работе с медицинскими учреждениями, по социальному служению, по благотворительности, по пастырской работе в ИТУ, с молодёжью, в армии, по религиозному образованию и катехизации, по церковному искусству и реставрации и др. В июле 1994 г. крестные ходы прошли в Вологде и Устюжне. В августе того же года, после 73-летнего перерыва, епископ Максимилиан совершил Божественную литургию в Вологодском Софийском соборе. 14 августа 1996 г. освятил верхний храм Спасского собора в Спасо-Прилуцком монастыре, в обители открылся епархиальный церковно-археологический музей. В мае 1997 г., накануне 600-летия Кириллова Белозерского монастыря, самая древняя часть обители (Иоанновский Горний монастырь) была возвращена епархии, 6 октября 1998 г. решением Священного Синода в Кирилловом Белозерском монастыре возобновилась иноческая жизнь.