В 1896 г. начало работу Великоустюжское православное Стефано-Прокопиевское братство миссионерской направленности, его деятельность охватывала пять северо-восточных уездов Вологодской епархии. В епархии также действовали приходские братства: Иоанно-Предтеченское при Рощенской церкви в Вологде (с 1894 г.), Деревянское Христорождественское (с 1895 г.), при вологодской Благовещенской церкви (с 1896 г.). В 1917 г. при некоторых храмах создавались кружки и братства ревнителей православия. В XIX – начале XX вв. в епархии работало значительное число благотворительных организаций. Забота о бедных духовного звания и сиротах являлась задачей епархиального попечительства о бедных духовного звания, попечительские советы были созданы в каждом благочинническом округе. С 1860 гг. в Вологодской епархии создавались многочисленные приходские попечительства и попечительские советы, задачами которых были содействие приходскому духовенству, помощь в хозяйственной деятельности приходов, помощь школам, борьба с нищенством и «вредными» отхожими промыслами, устройство рабочих мест, помощь нуждающимся, борьба с распространением старообрядчества, при приходах устраивались богадельни. В 1900 г. действовали 584 церковноприходских попечительства, в 1910 г. – 640 попечительств. В 1869 г. при вологодском Успенском женском монастыре открылся приют для девочек. В 1905 г. учреждена Александровская (в память императора Александра II Николаевича) церковноприходская богадельня при Воскресенской церкви в селе Устье Кадниковского уезда. В 1897 г. при Вологодском епархиальном женском училище учреждено общество вспомоществования нуждающимся воспитанницам училища, в 1898 г. начало работу общество вспомоществования нуждающимся Устюжского епархиального женского училища. Работало Великоустюжское общество взаимного вспомоществования учащимся и учившим в церковных школах Великоустюжского викариатства. В 1918–1919 гг. в Вологде были закрыты все домовые церкви (за исключением крестовой церкви при архиерейском доме) и городские монастыри, в большинстве монастырских храмов, ставших приходскими, богослужения совершались до конца 1920 гг. В 1918 г. прекратились занятия в Вологодской духовной семинарии, духовном училище и епархиальном женском училище, в том же году в Вологде были учреждены пастырско-богословские курсы для студентов старших курсов упразднённой семинарии, которые действовали в начале 1920 гг. В 1919 г. епархиальный совет направил в Вологодский губисполком ходатайство о разрешении преподавания Закона Божия не только в храмах, но и в наёмных помещениях по желанию приходских общин, ходатайство было отклонено. В 1921–1924 гг. в Вологде действовали пастырская школа для подготовки кандидатов на принятие священного сана. С осени 1922 г. до середины 1920 гг. в Вологде действовало православное женское училище для подготовки к «служению в церкви Божией в качестве руководительниц церковного пения (хорового и народного) в приходах, особых ревнительниц чистоты, порядка и благолепия в храмовых помещениях, активных сотрудниц в миссионерской и благотворительной работе на местах и воспитательниц в своих семействах». Попытка возобновить деятельность духовной школы или организовать богословские курсы, предпринятая в 1928 г., окончилась безуспешно.