Предстоятель РПЦ – Патриарх Московский и всея Руси управляет церковью вместе со Священным Синодом, при этом в Уставе 1988 г. сделана ссылка на 34Апостольское правило и правило 9 Антиохийского собора. Кандидат в патриархи должен быть архиереем РПЦ, иметь богословское образование, достаточный опыт в области церковного управления, отличаться приверженностью к каноническому правопорядку, пользоваться доброй репутацией и доверием со стороны епископата, духовенства и мирян, «иметь доброе свидетельство от внешних» (1 Тим. 3:7), быть не моложе 40 лет. В Уставе 1988 г. содержалось также положение о том, что кандидат в патриархи должен являться гражданином СССР, которое утратило значение после распада Советского Союза. В межсоборный период высшую законодательную, исполнительную и судебную власть осуществляет Священный Синод во главе с патриархом. Синод ответственен перед поместным и архиерейским Соборами. Он состоит из председателя (патриарха или Местоблюстителя), а также из пяти постоянных и пяти временных членов – епархиальных архиереев. Постоянные члены Синода по кафедре – митрополиты Киевский и Галицкий, Патриарший экзарх всея Украины, Ленинградский и Новгородский, Крутицкий и Коломенский; по должности – управляющий делами Московской патриархии и председатель Отдела внешних церковных сношений. Временные члены вызываются для присутствия в Синоде на одну сессию по старшинству архиерейской хиротонии, но не ранее двухлетнего срока пребывания на кафедре, которую они занимают на время вызова в Синод. Священный Синод избирает и назначает архиереев, перемещает их в исключительных случаях и увольняет на покой; вызывает архиереев на синодальные сессии, рассматривает отчёты правящих епископов; назначает руководителей синодальных учреждений и их заместителей, ректоров духовных школ. Синод руководит деятельностью синодальных учреждений, рассматривает и одобряет центральный церковный бюджет, сметы синодальных учреждений, духовных школ и соответствующие отчёты; вносит изменения в наименование епархий, одобряет создание епархиальных учреждений, уставы монастырей, по представлению Учебного комитета утверждает учреждение новых кафедр в Духовных академиях, уставы и учебные планы духовных школ, программы семинарий. Устав предоставил Синоду права суда первой инстанции по делам архиереев, суда первой и последней инстанции по делам сотрудников синодальных учреждений, а также суда второй инстанции по делам остальных клириков и мирян. Синодальные учреждения создаются и упраздняются поместными и архиерейскими Соборами или Священным Синодом и подотчётны им. Во главе синодальных учреждений должны стоять лица в архиерейском сане, назначаемые Синодом.