Луна на плече Богородицы символизирует Церковь Божию и одновременно отождествляется с Богоматерью: «Красна яко луна Дева» (Канон Пресвятой Богородице Иосифа Песнописца). Гора рассматривается как символ Богоматери и Церкви Нового Завета. Радуга, берущая начало от Младенца Христа, символизирует знамение Нового Завета. Лестница, отождествляемая с Пресвятой Богородицей, Которая соединила небо и землю, иллюстрирует текст Акафиста: «Радуйся, лествица небесная, Еюже сниде Бог, радуйся, мосте, переводяй сущих с земли на небо». Подобные символы неоднократно использовались в русской иконописи XVI–XVII вв., в первую очередь, к ним относится появившаяся в XVI в. иконография иконы «Гора Нерукосечная» («Камень Горы Нерукосечный» – один из наиболее известных и ранних примеров – икона, происходящая из местного ряда иконостаса Преображенского собора Соловецкого монастыря, начало XVI в., Музей-заповедник «Кижи»). Богоматерь с Младенцем сидит на высоком нарядном троне. Иконописец наряду с уже описанными символами изобразил два горящих светильника по сторонам трона и пышные цветы у ног Богоматери. Христос держит в руках развёрнутый свиток (текст: «Аз есмь прежде Авраама»). Однако исследователи не могут утверждать, что Молченская икона Божьей Матери является поясным вариантом образа «Камень Горы Нерукосечный». Сходство символов не говорит о взаимосвязи изводов, а указывает на один литературный источник, в данном случае Акафист Божьей Матери. Его художественные образы были воплощены в красках, дополнили и украсили первоначальную иконографию в период повсеместного проникновения сложной символики Акафиста в иконопись. Так, например, символы, заимствованные из Акафиста, органично вошли в иконографию русского варианта иконы Божьей Матери «Неопалимая Купина». В отличие от греческой традиции помещения ростовой фигуры Богоматери с Младенцем в центре горящего куста русский вариант более сложен: этот поясной извод «Одигитрии» идентичен базовой иконографии Молченской иконы Божьей Матери, за исключением поворота головы Пресвятой Богородицы (влево, в сторону от Младенца). На иконе «Неопалимая Купина» на мафории также изображены облака, на челе и плече Богоматери – солнце и луна, на груди – лествица, гора с градом на ней, медальон с образом Христа Царя в стенах града (Пс. 86:3). Такие важные отличия Молченской иконы Божьей Матери от извода «Камень Горы Нерукосечный», как сокращённый (поясной) вариант фигуры Богоматери, положение Её рук, рук и ножек Младенца, особенно открытой ступни правой ножки, профильной либо повёрнутой к зрителю, позволяют исследователям назвать в качестве протографа Молченской иконы Божьей Матери один из образов Богоматери «Одигитрия», возможно, Тихвинской, который неоднократно использовался иконописцами при создании оригинальной иконографии (например, такой, как икона «Запечная» из Соловецкого монастыря).