Исследование сохранившихся фотографий конца XIX в., прорисей и списков Молченской иконы Божьей Матери позволило исследователям выделить основные признаки базовой иконографии иконы и иконографии с дополнительными символическими изображениями. Изображение относится к типу «Одигитрия». Богоматерь изображена фронтально по пояс, голова повёрнута на три четверти вправо, взгляд направлен либо прямо на молящегося, либо немного в сторону. Правая рука находится на уровне груди, левой Она снизу поддерживает Младенца. Фигура Христа показана в повороте на три четверти влево, десница поднята в благословляющем жесте, левая ручка со свёрнутым свитком покоится на бедре немного вытянутой левой ножки. Правая ножка согнута в колене, обнажённая ступня в складках ризы показана сбоку. Взгляд Христа направлен либо на Богоматерь, либо влево. Богоматерь облачена в мафорий с чепцом и в тунику. Младенец либо в далматике, либо в традиционном хитоне и гиматии. Мафорий Богоматери образует под ножками Христа большую дугообразную складку. Символические изображения, дополняющие основную иконографию, имеют сложную программу. Мафорий Божьей Матери прописан густыми кучевыми облаками. На челе и плече среди облаков вместо звёзд Приснодевства изображены солнце и луна. В центре, на груди Богоматери, находится гора скалистая или покрытая зеленью, иногда с изображением города, рядом с которым может быть помещён круглый медальон с ликом. От Младенца Христа вниз перекинута радуга, проходящая над вершиной горы. Правой рукой Богоматерь прижимает небольшую лестницу. Богомладенец благословляет и лестницу и гору. Эти прообразовательные символы иллюстрируют толкование сна царя Навуходоносора: «Аз видех гору от нея же отсечеся камень нерукосечный», данное пророком Даниилом (Дан. 2:31–45), и непосредственно связаны с текстом Акафиста Божьей Матери. Так, иконописец использовал некоторые из наиболее ярких эпитетов, данных Божьей Матери: Она – Лествица, соединившая небо и землю («лествица высокая», «облаче всесветлый»), Гора, от Которой отсёкся Нерукосечный Камень, – Христос («горо несекомая»). Образы и символы на иконе логически связаны между собой. Кучевые облака издревле символизировали вездесущесть Бога, Его величие: «Се, грядет с облаками, и узрит Его всякое око и те, которые пронзили Его; и возрыдают пред Ним все племена земные» (Откр. 1:7), в то же время облачный мафорий Богоматери уподобляется облаку: «Радуйся, покрове миру, ширший облака». Праведное солнце, согласно древнерусской традиции, отождествляется со Христом, а свет от него – с христианством.