Факт переноса иконы в Севск оставался малоизвестным на протяжении XVII–XVIII вв. Знаток Богородичных икон Симеон Фёдоров Моховиков в рукописи 1714–1715 гг. «Солнце Пресветлое» датировал явление Молченской иконы Божьей Матери 1635 г., обойдя молчанием 1405 и 1612 гг.: «Образ Престыя Бдцы Молченския, чудотворный, явися в лето 6143 апреля в 24 де во пределех града Путивля северныя страны российского црьства, яко з поприщ от града того, на месте зовомо молченское, инже на той превысочайшей горе создан мнтрь Престыя Бдцы, аки звезда издалеча зрится всеми» (Научная библиотека МГУ). Архимандрит Палладий (Батенин) также считал, что Молченская икона Божьей Матери вернулась в Софрониеву пустынь в 1630 гг., когда на Чудной горе «около 1630 г. вместо деревянной церкви построена… каменная… и перенесена, в числе других святынь, чудотворная икона Богородицы Молченския. С тех пор она неразлучно пребывает в Молчанской Софрониевой пустыни». Он также оставил замечание, что в Большом Молченском монастыре в Путивле была своя чудотворная Молченская икона Божьей Матери, которая явилась, «как сказано об этом в московских описных реестрах, 24 апреля 1635 г. вблизи Молчи, в Линевском лесу, у колодезя, называемого «Кобозева Криница», которая во время бывшего в этом монастыре в 1752 г. пожара сделалась неизвестной, о чём и возбуждалось тогда дело в Путивльском Духовном Правлении». К этому же времени относил появление иконы в Софрониевой пустыни её настоятель архимандрит Сосфен, о чём сообщил в составленном и изданном им в 1855 г. описании обители. Евгений Николаевич Поселянин (Погожев) в начале XX в. отмечал, что «чудотворный образ исчез неизвестно куда», и датировал 1635 г. принесение в Софрониеву пустынь, при строителе этой обители Серапионе, списка Молченской иконы Божьей Матери «от сумского атамана Лукиана Константинова». Следовательно, ни церковные историки, ни насельники Софрониевой пустыни и путивльского Большого Молченского монастыря не знали, где точно находилась чудотворная икона, начиная со Смутного времени до 1635 г. Таким образом, исследователи предполагают, что явленная в 1405 г. чудотворная икона, видимо, погибшая в Смутное время при пожаре, стала протографом для ряда списков в путивльских монастырях. Исследователи отмечают, что известные источники единодушно датируют происходившие с Молченской иконой Божьей Матери события в XVII в., в том числе сретение иконы в Севске, одним числом – 24 апреля. Путаница со списками Молченской иконы Божьей Матери и споры монастырей за обладание подлинным образом продолжались и в XVIII в. В «Доношении в Синод» игумена Мануила (Левицкого) от 15 сентября 1763 г. о чудотворных иконах Большого Молченского монастыря сообщалось, что оригинал подлинной явленной Молченской иконы Божьей Матери погиб при пожаре 1752 г.