В 1832 г. определён благочинным монастырей Калужской епархии. 5 сентября 1837 г. при освящении придела во имя Николая Чудотворца Моисей был возведён в сан игумена, 28 мая 1841 г. награждён наперсным крестом, 12 мая 1853 г. возведён в сан архимандрита. По свидетельству его письмоводителя Евфимия (Трунова), 19 сентября 1858 г. епископ Григорий (Постников) благословил Моисея «употреблять мантию со скрижалями» (Российская государственная библиотека). В 1859 г. награждён орденом святой Анны второй степени. За время настоятельства Моисея (37 лет) в Оптиной пустыни во Введенском соборе были устроены два боковых придела с крытыми папертями, в старой братской трапезной освящена церковь во имя преподобной Марии Египетской, над двумя одноэтажными келейными корпусами надстроены верхние этажи, возведены семь братских корпусов, каменная ограда с семью башнями, новый большой корпус братской трапезной, библиотека, гостиницы (восемь корпусов), два конных двора с кельями, скотный двор, кирпичный и черепичный завод, вновь выстроена мельница близ монастыря, появилось братское кладбище. На земле, дарованной монастырю в 1853 г., заложен хутор для сбора сена и рыбной ловли. Разведены фруктовые сады, огороды. При вступлении Моисея в должность у обители было 197 десятин 1564 кв. сажени земли, в том числе 80 десятин леса, в год его кончины – 348 десятин 1464 кв. сажени земли, в том числе 188 десятин леса. При Моисее был увеличен штат монастыря. 9 февраля 1857 г. император Александр II утвердил синодальное определение, согласно которому к монастырскому штату добавлены 24 вакансии (12 монашеских и 12 послушнических). Некоторые насельники не одобряли активную строительную деятельность настоятеля и писали доносы на него в Калужскую духовную консисторию (Российская государственная библиотека). В 1856 г. Исаия (Путилов), навестивший брата, признавался: «...Как счастлива Оптина обитель, что есть в ней мужи. В них же сердце и душа едины». Обладая духовным опытом, Моисей поддерживал в обители традицию старчества. Его духовником был преподобный Лев (Наголкин), основатель старчества в Оптиной пустыни. По словам «Жития», Моисей «с любовью принял старцев и водворил их в своей обители», «лучше других понимал высокое значение и силу их благотворной деятельности», «с редким доброжелательством и беспристрастием содействовал трудам старцев всеми зависевшими от него мерами» (Российская государственная библиотека). В 1851 г. Оптину пустынь посетил известный духовный писатель Андрей Николаевич Муравьёв, который встретился с тремя старцами (Моисеем, Антонием и Макарием) и написал воспоминания о них. По словам писателя, Моисея отличали строгость, «углубление во внутреннюю клеть своего сердца, от долгого пустынножительства и соответственно своему начальническому положению», рассудительность и безгневие. Как вспоминал игумен Антоний (Бочков), «вместо поучений он являл собой пример, как хранить уста, и хранивши их, обуздывать и всё тело. Никто не видел его во гневе или в ослаблении: всегда был ровен и верен самому себе».