Это была многоярусная постройка: над четвериком с трёхчастной аркой святых ворот поднимались уменьшающиеся в объёме октагоны. Фасады четверика-основания были центрированы полукруглыми фронтонами, подобно декорации других храмов Москвы эпохи барокко. Верхний восьмерик с арочными окнами напоминал завершение колокольни. Сохранились подробные обмеры сооружения, фотографии интерьера, описание убранства. Место, где стояли святые ворота, не занято, что позволяет энтузиастам надеяться на воссоздание этого уникального по своей значимости и неординарного по художественным достоинствам памятника. В правление императрицы Елизаветы Петровны была построена ещё одна церковь – Троицкая (1757–1763 гг.) вместо старой трапезной церкви во имя Нерукотворного образа Спасителя. Композицию «восьмерик на четверике» и барочный декор в духе петровской архитектуры имела и Благовещенская церковь, построенная в 1713 г. на месте сгоревшей в 1660 г. Покровской церкви. Храм сооружён благодаря стараниям адмирала Фёдора Матвеевича Апраксина и освящён Рязанским митрополитом Стефаном (Яворским). К 2017 г. территория Московского во имя Иоанна Златоуста монастыря была полностью свободной от застроек и доступной для исследования. Некрополь монастыря пострадал, как и строения; сведения о нём исследователи получают из разных источников. Из исследований XIX в. исследователям известно, что здесь были упокоены «птенцы гнезда Петрова»: адмирал Ф.М. Апраксин, генерал-аншеф Михаил Афанасьевич Матюшкин, генерал-аншеф Пётр Александрович Румянцев, вице-адмирал М. Сенявин, контр-адмирал Муханов, а также древние княжеские и боярские семьи Московского периода: Урусовых, Борятинских, Кольцовых-Мосальских, Касимовских, Засекиных, Кучумовичей. Круг жертвователей Московского во имя Иоанна Златоуста монастыря древнейшего периода в пределах XVII в. может быть отчасти восстановлен по монастырскому синодику. Вопрос, сохранился ли и в какой степени некрополь Московского во имя Иоанна Златоуста монастыря, помогают решить археологи. Какая-то часть захоронений сохранилась в земляных отвалах в виде археологического материала на первоначальной территории, ныне во дворе, в подвалах и под фундаментами жилых домов и других сооружений, возведённых после 1933 г. на месте монастыря. Летом 2011 г., в ходе земляных работ во дворе жилого дома (Б. Златоустинский пер., д. 5), были обнаружены фрагменты шести белокаменных надгробий, двух саркофагов и крышки от саркофага XVI–XVIII вв. Место их обнаружения не было зафиксировано, исследователи могут лишь отчасти предполагать первоначальное их местоположение. Несколько предметов были атрибутированы как фрагменты захоронений представителей рода Кучумовичей, датируемые 1620, 1640 гг. и рубежом XVII и XVIII вв.