В сентябре 1817 г. указом управляющего Московской епархией архиепископа Августина (Виноградского) московские монастыри давали приют ученикам Заиконоспасского училища, чьи отцы, бедные священнослужители, не могли их содержать. Высокопетровскому и златоустовскому архимандритам было предписано обеспечить бедных учеников кельями и всем необходимым. В Московском во имя Иоанна Златоуста монастыре для них была организована бурса, в которой семинаристы (8–15 человек) проживали до 1852 г. С 7 июня 1900 г. Московский во имя Иоанна Златоуста монастырь возглавлял архимандрит Исидор (Колоколов), 12 мая 1902 г. хиротонисанный во епископа Новгород-Северского, викария Черниговской епархии; с 1 декабря 1905 г. – архимандрит Алипий (Попов; ум. 5 марта 1912 г.), 21 декабря 1909 г. хиротонисанный во епископа Старицкого, викария Тверской епархии. В 1908 г. в Московском во имя Иоанна Златоуста монастыре проживали архимандрит, 11 монахов и два послушника, к 1917 г. – архимандрит Феодосий (Ганицкий), игумен, духовник иеромонах Пахомий (Туркевич), 11 иеромонахов, три иеродиакона, три монаха, пять послушников. Монастырь получал из казны 1460 руб. с процентами от денежных вкладов, владел более 1 десятиной огородной земли в деревне Новинки Московского уезда (ныне в черте Москвы). В 1909–1920 гг. настоятелем Московского во имя Иоанна Златоуста монастыря был священноисповедник Феодосий (Ганицкий), в 1912 г. включённый в состав строительного комитета по сооружению в Москве храма во имя князя Александра Ярославича Невского в память об отмене крепостного права. Рафаил (Тюпин) стал одним из последних насельников обители: в 1922 г. в Московском во имя Иоанна Златоуста монастыре он был пострижен в монашество, в 1926 г. – рукоположён во иерея. После закрытия монастыря служил в сельских храмах Калужской и Московской областей, был ревностным пастырем. С 1915 г. в Московском во имя Иоанна Златоуста монастыре подвизался иеромонах Пахомий (Туркевич), служил духовником братии. К 1933 г. церковные постройки монастыря были снесены. В 2016 г. в келейном корпусе бывшей обители была устроена часовня, в ней поставлена новая икона Иоанна Златоуста, повторяющая древний несохранившийся образ. По пятницам совершается молебен святителю с чтением акафиста перед иконой Божьей Матери «Знамение». В Б. Златоустинском пер. установлены памятный камень и два стенда с рассказом о монастыре и его утраченных постройках. Сбором научной информации и просветительскими проектами, посвящёнными Московскому во имя Иоанна Златоуста монастырю, занимаются клир и прихожане церкви во имя святых Космы и Дамиана на Маросейке.