С 1808 г. Московский во имя Иоанна Златоуста монастырь возглавлял архимандрит Лаврентий (Бакшевский; впоследствии архиепископ Черниговский и Нежинский). При нём в обители пол соборной церкви был выстлан лещадью (плиткой), в 1809 г. оштукатурены стены; в 1811 г. поновлены семь местных икон в иконостасе; позолочены кресты на всех храмах и колокольне; в 1810–1811 гг. частично выстроена новая ограда. В августе 1812 г. по поручению викария Московской епархии Дмитровского епископа Августина (Виноградского) архимандрит Лаврентий (Бакшевский) принимал меры по заблаговременному вывозу из Москвы (при угрозе захвата французскими войсками) церковных святынь, ризницы. 23–24 августа архимандрит тайно перевёз в настоятельские покои Московского во имя Иоанна Златоуста монастыря церковную утварь и ризницу загородного Перервинского во имя святителя Николая Чудотворца монастыря. 31 августа 1812 г. архимандрит Лаврентий (Бакшевский) направил в Вологду по Троицко-Сергиевскому тракту обоз с имуществом Златоустовского и Перервинского монастырей. «Оставшиеся вещи, хотя и были убраны, но все отысканы неприятелем и разграблены» («Чтения в Императорском Обществе Истории и Древностей Российских при Московском университете», 1858 г., книга 4). К сентябрю 1812 г. в Московском во имя Иоанна Златоуста монастыре остались лишь иеромонах Серафим и иеродиакон Геннадий. Вскоре и они, испуганные ворвавшимися французами, покинули обитель. После отступления французских войск, 31 декабря, архимандрит Лаврентий (Бакшевский) вернулся в Москву и поселился в монастыре, который не пострадал от пожаров, но подвергся разграблению и осквернению (так, в Троицкой церкви французские солдаты устроили конюшню). Среди прочих реликвий после французской оккупации сохранились драгоценные митра и венец, которые в 1819 г. дополнили оклад 1750 г. на соборном образе Иоанна Златоуста (Государственные музеи Московского Кремля). После 1812 г. в восстановленной обители строили новые храмы. На средства тульского купца первой гильдии Даниила Петровича Шапошникова 11 сентября 1821 г. в Свято-Троицкой церкви был освящён придел во имя Иннокентия (Кульчицкого), епископа Иркутского, – первый престол в Москве, устроенный в его честь. Купец давно почитал Сибирского чудотворца: по торговым делам он часто бывал в Иркутске и посещал иркутский в честь Вознесения Господня монастырь, где почивали мощи святителя. Во время одной из поездок, летом 1798 г., Даниил Петрович тяжело заболел: два месяца не вставал с постели, не принимал пищи. Жена Д.П. Шапошникова стала молиться святителю Иннокентию, и ночью он явился к ним в дом, ударил жезлом в пол и приказал купцу встать. Наутро больному стало легче, и вскоре он выздоровел.