По описи 1679 г., в обители находились каменный собор Иоанна Златоуста (со вторым престолом апостола Тимофея) с нижней церковью Покрова Пресвятой Богородицы, «под колоколами» – каменная церковь великомученика Феодора Стратилата, храм Нерукотворного образа Спасителя, каменные святые ворота, деревянная ограда, игуменская и около десятка братских келий, хлебопекарня, хозяйственные службы. На Московский Собор 1666–1667 гг. среди других настоятелей московских монастырей был призван златоустовский игумен Ермоген. В апреле 1675 г. Московский во имя Иоанна Златоуста монастырь посетил царь Алексей Михайлович, 25 апреля 1678 г. – великий князь Фёдор Алексеевич. В 1676 г. игумен Дионисий участвовал в коронации царя Фёдора Алексеевича. При венчании на царство великих государей Петра I и Иоанна V Алексеевичей в 1682 г. настоятель Московского во имя Иоанна Златоуста монастыря вместе с тремя другими служителями нес царскую державу («Дополнения к Актам историческим», том 10). Среди пожертвований в Московский во имя Иоанна Златоуста монастырь исследователям известны вклады старицы инокини Марфы Иоанновны (30 руб.), царя Алексея Михайловича (1654 г.; напрестольное Евангелие из Приказа Большого дворца), княгини Анны Григорьевны, жены касимовского царевича Никифора Васильевича («ризы золотой парчи по красной земле»), Конона, Петра, Андреяна и Никиты Апраксиных (700 руб.), Фёдора Никитича Апраксина (1632 г.; напрестольное Евангелие), князей Петра Ивановича и Ивана Петровича Пронских (1649, 1678, 1679 гг.; толковое Евангелие, напрестольное Евангелие, обложенное красным бархатом, серебряный позолоченный потир и др.), Михаила Бахтеярова (1658 г.; напрестольный крест с частицами мощей различных святых), бояр Зюзиных (1661 г.; 570 руб., несколько богато украшенных икон), князя Фёдора Никитича Барятинского (1666 г.; сосуды и облачения на 920 руб.), княгини Евдокии Васильевны Пожарской (1696 г.; 100 руб.), княгини Александры Сергеевны Урусовой (богато украшенное серебром Евангелие) и др. Первоначально Московским во имя Иоанна Златоуста монастырём управляли игумены. 15 августа 1706 г. по прошению монастырских ктиторов, прежде всего, представителей семьи Апраксиных, царь Пётр I учредил в монастыре архимандритию. В 1701 г. в Московском во имя Иоанна Златоуста монастыре проживали игумен Иов и около 14 насельников, в 1703 г. – 17 человек, в 1732 г. – четыре иеромонаха, шесть иеродиаконов, 16 монахов. Монастырь был небогат. С 1705 г. в ответ на челобитные игумена Антония Монастырский приказ выделял годовое жалованье на каждого монаха по 5 руб. по 5 четвертей хлеба со «столовыми запасами». В 1721 г. архимандрит Антоний доносил в Синод, что к Московскому во имя Иоанна Златоуста монастырю приписано лишь сто дворов, и монахи «пропитание имеют с великою нуждою». 28 апреля 1721 г. к обители была приписана Давидова в честь Вознесения Господня пустынь, которая в 1727 г. стала самостоятельной, к 1722 г. – часовня за Покровскими воротами у Белого города Москвы.