Д.П. Шапошников объявил о своём чудесном исцелении, что было зафиксировано и впоследствии нашло отражение в печатном издании. Купец с семьёй переехал в Москву, выкупил дом близ монастыря. В приделе святителя Иннокентия был установлен пожертвованный Д.П. Шапошниковым образ святителя, писанный в 1810 г. с подлинной иконы, находившейся в иркутском Вознесенском монастыре. В 1832–1834 гг. храм был обновлён и благоукрашен, новый иконостас выполнен по проекту архитектора Осипа Ивановича Бове. В 1848 г., во время эпидемии холеры, тяжко заболел почётный гражданин Москвы 60-летний купец И.В. Воробьёв. Он получил облегчение после сонного видения, в котором к нему с иконы Божьей Матери «Знамение» обратилась Царица Небесная. Через два дня поисков он нашёл Её образ в Московском во имя Иоанна Златоуста монастыре, где молился, когда был молодым: икона находилась над входом на паперть Троицкой церкви. И.В. Воробьёв испросил разрешение у Московского митрополита Филарета (Дроздова) снять икону с наружной арки и перенести в церковь с подобающей честью. По благословению митрополита святыня была внесена в храм и несколько недель находилась на аналое в правом приделе во имя святителя Иннокентия Иркутского. 19 марта того же года святитель Филарет (Дроздов) указывал в своей резолюции: «Молебные пения для желающих пред сею иконою совершать невозбранно. Из монастыря оную, по принятому вообще в Москве правилу, без особого разрешения не выносить». На пятой неделе Великого поста он посетил монастырь, приложился к чудотворной иконе и указал лучшее место для её расположения. В благодарность за исцеление купец И.В. Воробьёв украсил икону серебряной позолоченной ризой с драгоценными камнями, полностью возобновил Троицкую церковь, лично следил за ходом работ и пожертвовал в алтарь много ценной утвари. В 1848 г. было официально зафиксировано восемь чудесных исцелений от образа Божьей Матери «Знамение». В Московский во имя Иоанна Златоуста монастырь стекались многие богомольцы, для бедных и болящих странников на заднем дворе была устроена особая комната, где они находили бесплатный приют и пищу. Со времени прославления иконы «Знамение» монастырь сохранял стабильное экономическое состояние. 23 ноября 1850 г., в день преставления святителя Митрофана Воронежского, в Троицкой церкви на иконе святителя появились капли мира. Икону освидетельствовал архимандрит монастыря. После вечерни он благоговейно собрал маслянистые капли полотном, на другой день икона вновь покрылась ими. Мироточение продолжалось четыре месяца и привлекло в Московский во имя Иоанна Златоуста монастырь многих верующих.