Одна из плит оказалась закладной, предназначенной для отметки захоронения в стене храма. Благодаря сохранившейся девятистрочной надписи исследователям удалось установить, что плита принадлежала к захоронению двух сыновей-младенцев и жены Сибирского царевича Андрея Кучумовича (сына последнего татарского хана Сибири и Чингизида), поступившего в конце XVI в. на службу к русскому государю. Среди тех же находок был фрагмент погребения ещё одного члена этой семьи, младенца Евдокии, внучки царевича Андрея Кучумовича и дочери боярина Василия Ивановича Стрешнева. Исследователи полагают, что погребения членов знатной семьи были обусловлены тем, что в окрестностях обители у них было владение. Места их обнаружения показывают, что связанные с ними погребения были сделаны внутри или около каменного собора во имя Иоанна Златоуста (1663 г.) и могли составлять родовой мемориальный участок этой семьи. Апраксины, многое сделавшие для монастыря в XVII–XVIII вв., также принадлежали к числу выходцев из Золотой Орды. В подклете Благовещенской церкви был погребён отец Фёдора Матвеевича Апраксина, убитый в 1667 г. башкирами и калмыками, а в 1728 г. похоронен сам ктитор, Ф.М. Апраксин, один из основателей Российского флота. Культурный слой на участке с их родовыми погребениями достигает 3 м, на этом уровне, как полагают исследователи, хорошо сохранились нижняя часть церкви и погребения внутри усыпальницы. Археологическое изучение остатков построек Московского во имя Иоанна Златоуста монастыря и некрополя имеет большие перспективы. При наложении опубликованного исторического плана монастыря на план современной застройки специалисты получили подтверждение полной сохранности внешних и внутренних границ обители. В ряде мест по северо-западной и северо-восточной границам хорошо прослеживаются стены монастырской ограды. Во дворе дома 5/3 по Б. Златоустинскому пер. видна старая стена, к которой в советское время была сделана хозяйственная постройка. К моменту сноса монастыря, т.е. к 1930 гг., все храмы и постройки располагались на 1,5 – 2 м ниже уровня земли, увеличившегося благодаря мощному культурному слою. Раскопки позволят исследователям открыть не только фундаменты или подклеты сооружений, но и сохранившиеся наземные части зданий. Сохранился синодик-помянник Московского во имя Иоанна Златоуста монастыря – один из самых ранних письменных памятников монастыря. Он был начат в царствование Бориса Фёдоровича Годунова, в 1602–1605 гг., и заполнялся до 1670 гг. (Центральный музей имени Андрея Рублёва). Это небольшая (19×14,7 см) рукописная книга в кожаном переплёте на 268 листов. На листе помещалось 13 строк, высота каждой строки – 4 мм, междустрочия – 7 мм. Книга украшена художественными заставками. Заголовки написаны киноварью, а основной текст – тёмно-коричневыми чернилами красивым московским полууставом рубежа XVI и XVII вв. Последние листы помянника заполнены разными «почерками», нарушающими основной стиль.