В 1853 г. иркутский гражданин Алексей Прокопьевич Медведников преподнёс в дар Троицкому храму новый образ святителя Иннокентия с драгоценной ризой. Искусно сделанная икона была представлена на Московской мануфактурной выставке. Первую икону святого, пожертвованную купцом Д.П. Шапошниковым, решили перенести в собор. Когда в 1865 г. соборный храм стал тёплым, в него перенесли и чудотворную икону Божьей Матери «Знамение», при этом образ святителя Иннокентия оказался по правую сторону от неё. Связь эта неслучайна: в день празднования иконе Божьей Матери «Знамение», 27 ноября 1731 г., скончался святитель Иннокентий. Среди братии Московского во имя Иоанна Златоуста монастыря было много служителей, получивших хорошее образование: историки, переводчики, переписчики книг, преподаватели. Первому архимандриту обители Антонию (1706–1726 гг.) была поручена Тиунская изба, или Приказ церковных дел, который наблюдал в Москве за благочинием священнослужителей, рассматривал дела о раскольниках, следил за подготовкой будущих приходских пастырей. Настоятель (1784–1789 гг.) архимандрит Евгений (Романов) был учителем истории и географии в Александро-Невской семинарии, затем преподавал Закон Божий, российскую и славянскую грамматики в Императорском Сухопутном кадетском корпусе. После назначения в Московский во имя Иоанна Златоуста монастырь архимандрит Евгений (Романов) продолжал учительское служение: был катехизатором в Императорском Воспитательном доме (благотворительное закрытое учебно-воспитательное учреждение для детей-сирот). Согласно ведомости 1735 г., в Московском во имя Иоанна Златоуста монастыре проживали 19 монахов. В 1742 г. иеродиакон Досифей был возведён в сан игумена и назначен настоятелем Бабаевского во имя святителя Николая Чудотворца монастыря; в том же году иеромонах Митрофан стал игуменом Малицкой пустыни (см. Малицкий во имя святителя Николая Чудотворца мужской монастырь); в 1755 г. иеромонах Нифонт назначен строителем Екатерины великомученицы монастыря Московской епархии; в 1771 г. казначей иеромонах Филипп был возведён в сан игумена московского Крестовоздвиженского монастыря. Настоятель (1800–1802 гг.) архимандрит Моисей (Близнецов-Платонов) в феврале 1804 г. был назначен ректором московской Славяно-греко-латинской академии. Настоятель (1832–1837 гг.) архимандрит Даниил (Сивиллов) ещё в молодости был введён в состав десятой Пекинской духовной миссии, преуспел в изучении китайского языка, занимался переводами, содействовал распространению христианства среди китайцев. В должности настоятеля монастыря с 5 июля 1835 г. состоял членом Московской духовной консистории.