Монастырь был устроен на территории исторически сложившегося кладбища, где хоронили «убогих» – бродяг и нищих, часто в общих ямах, что и обусловило его именование. Высказывалось предложение отождествить божедомское кладбище Московского Покровского монастыря с действующим Калитниковским, находящимся к востоку от обители на территории старинных монастырских угодий. Но современные исследователи чётко различают божедомское кладбище и внутренний монастырский некрополь, начало которого относят к 1650 гг., «когда царь Алексей Михайлович возвёл первые каменные постройки монастыря: два храма, шатровую колокольню, стены и башни» (исследователям представляется возможным датировать эти каменные постройки и внутренний монастырский некрополь в рамках XVII в. более широко, чем время царствования Алексея Михайловича). Одни источники указывают на постриг и погребение протопопа Стефана Вонифатьева в Покровском монастыре «на Убогих домех», другие только на его кончину в Валдайском Святоозерском в честь Иверской иконы Божьей Матери мужском монастыре. Наиболее значительный участок некрополя находился к западу от основного комплекса монастырских зданий. В XIX в. считалось, что монастырское кладбище является «главной усыпальницей московского купечества». Среди погребённых в приделе святого Ионы Покровского храма – митрополит Руисский Мцхетского Католикосата Иона (Гедеванишвили; ум. в 1821 г.); дети грузинского царя Георгия XII Илия (ум. в 1854 г.), Окропир (ум. в 1857 г.), Ираклий (ум. в 1859 г.), Михаил (ум. в 1862 г.); дочь имеретинского царя Соломона княгиня. Дареджан (Дария); жена Кайхосро Абашидзе (ум. в 1827 г.). Под Воскресенской церковью похоронен митрополит Гелиопольский и Гор Ливанских Неофит (ум. в 1853 г.). В начале ХХ в. на монастырском некрополе существовало около 1,5 тыс. памятников.