В ружной розметной книге 1699 г. сказано: «В Покровской, что за Яузою на Убогих домех: строителю с братьею на церковные потребы и годовые руги, и на пищу, и на одежду, и на дрова 100 руб. – 2 черным попом по 3 руб. человеку, ржи по 6 ч., овса по тому ж. Просвиряку да пономарю по 30 алт. человеку, ржи по 3 ч., овса по тому ж. – старцом 6 человеком по 9 алт. человеку, в том числе 2 старцом ржи по 2 ч. без полуосмины – на просвиры за пшеницу ржи 2 ч. без полуосмины. Итого в Покровской 109 руб. 14 алт., ржи 23 ч. с полуосминою, овса 21 ч. с осминою. [Помета]: Денежную и хлебную ругу давать по прежнему сполна для того, что за ними крестьян не написано». По замечанию Павла Михайловича Строева, не снабжённому ссылками на источник, с 1680 (1682?) по 1731 гг. Московский Покровский монастырь был приписан к Заиконоспасскому в честь Нерукотворного образа Спасителя московскому монастырю, а в середине – второй половине XIX в. был заштатным. Однако, как полагают исследователи, приписка Московского Покровского монастыря к Заиконоспасской обители состоялась позднее. В 1728 г. ризничий Московского Покровского монастыря иеромонах Феоктист с братией и вкладчиками в челобитной отмечали, что «лет с двадцать тому назад и больше» по указу митрополита Стефана (Яворского) монастырь был приписан к Заиконоспасской обители, «против чего старшие монахи спорили и рук не приложили, а многие ушли из монастыря». Целью же челобитной 1728 г. была просьба об освобождении от приписки. На требования Синода представить грамоты и указы об учреждении Московского Покровского монастыря и о его приписке к Заиконоспасскому монастырю были выданы копии жалованных грамот, однако указа о приписке не оказалось ни в обителях, ни в Коллегии экономии. В деле фигурируют имена вкладчиков во главе с царевной Прасковьей Ивановной и перечислено имущество, конфискованное Заиконоспасским монастырём у Покровской обители, в том числе монастырское подворье «в Китае городе» и две «горницы на жилых подклетях со всяким дворовым и хоромным строением – на 130 р. ...заводы кирпичные, с двумя печами обжигальными, сараями и всякими амбарами и строениями, монастырския книги, минеи месячныя», деньги и др. После определения подлинности подписей и выслушивания различных мнений указом Синода от 23 декабря 1730 г. «Покровскому монастырю назначено быть особо от училищнаго Спасскаго», игуменом Московского Покровского монастыря стал, согласно прошению братии и вкладчиков, иеромонах Чудова монастыря Дионисий. 17 июня (июля?) 1731 г. был «запечатан указ» из канцелярии Синода иеромонаху Дионисию «по доношению означеннаго Покровскаго монастыря строителя иеромонаха Феоктиста с братьею, велено во оном монастыре Покровском быть на месте престарелаго его строителя Феоктиста ему иеромонаху Дионисию и монастырь ему в оправлении ведать, а того Покровскаго монастыря братии и служителям быть ему строителю послушным» (24 июня 1731 г. строитель Феоктист скончался). В донесении строителя Московского Покровского монастыря и префекта Крутицкой духовной семинарии Аввакума от 12 мая 1781 г. отмечалось, что монастырь, прежде пребывавший в Московской епархии, 21 июня 1744 г. был передан в Крутицкую епархию указом императрицы Елизаветы Петровны «для заведения и содержания в нем семинарии, которая ныне в оном и находится» («Чтения в императорском обществе Истории и Древностей»). Монастырь был отнесён к третьему классу (раньше семинария находилась в Вязьме).