Существование Покровского храма фиксируется в документах Патриарших приказов с 1620 гг. На гравюре, датируемой 1707–1708 гг., изображён монастырь с двумя пятиглавыми храмами, шатровой колокольней, корпусами и каменной оградой с башнями, очевидно, выстроенными в XVII в. Согласно «Ведомости московских церквей, соборов и приделов» 1732 г., в монастыре, «что на убогих домех», стояли собор во имя Всех святых и храм Покрова Пресвятой Богородицы. В «Офицерской описи» монастыря 1763 г. упомянуты пятиглавый однопрестольный Всехсвятский собор с папертью и двумя «палатками», Покровская церковь с приделом преподобного Иоанна Дамаскина, каменная шатровая колокольня с восемью колоколами и с немецкими боевыми часами, деревянные настоятельские кельи с кухней, каменные и деревянные братские кельи, каменная ограда (224 сажени). Семинария располагалась в каменном двухъярусном здании с кухней и погребом, выстроенным по указу императорицы Елизаветы Петровны. Исследователи полагают, что придел преподобного Иоанна Дамаскина появился в Покровском храме в период с 1732 по 1763 гг. По некоторым сведениям, храм Всех святых был возведён в 1682 г., а в 1772 г. к нему была присоединена трапезная с престолами Воскресения Христова (справа) и Тихвинской иконы Божьей Матери (слева). В 1792–1798 гг. собор был перестроен, при этом перестройка, как полагают исследователи, не затронула трапезную 1772 г. с двумя престолами. Храмоздателем был первый московский городской голова Демид Демидович Мещанинов. Эти сведения подтверждаются официальной справочной литературой конца XVIII в., указывающей на наличие в монастыре Покровского и Всехсвятского храмов с отмеченными выше приделами. В издании 1813 г. помимо Всехсвятского храма упоминается расположенная к востоку двухэтажная «крестообразная об одной главе» Покровская церковь, возведённая в 1806–1810 гг., при строителе иеромонахе Ионе «иждивением доброхотнодателей». На верхнем этаже храма было два придела: правый – во имя апостолов Петра и Павла, устроенный на средства московского купца Аникеева и освящённый 22 декабря 1812 г., и левый – во имя Николая Чудотворца, освящённый 9 марта 1813 г. Над восточными святыми воротами возвышалась каменная трёхъярусная колокольня (1799 г.) «вышиною со щипцем и крестом около 15 сажен». При входе в монастырь справа располагались обветшавшие деревянные настоятельские кельи, к югу от Покровской церкви – двухэтажный бывший семинарский корпус, в котором устроены кельи, трапезная и подсобные службы. В северо-западном углу монастыря стоял каменный корпус мужской богадельни на 12 человек, построенный в 1799 г. на средства купца Мещанинова, рядом – деревянная баня (1812 г.). Московский Покровский монастырь был обнесён каменной оградой «на 180 саженях» с четырьмя угловыми каменными башенками. За оградой к северо-западу на Семёновской (ныне Таганской) ул. находилось каменное здание женской богадельни, построенное в 1810 г. «госпожею Хлебниковою».