Таким образом, в период с последнего десятилетия XVIII в. по первое десятилетие XIX в. при перестройке Покровской церкви был упразднён придел преподобного Иоанна Дамаскина, но появились Никольский и Петропавловский приделы. Также за это время была перестроена колокольня и существенно реконструирована каменная ограда. Разборку предыдущей ограды И.М. Снегирёв относит к 1783 г. Обе церкви пострадали в 1812 г., в 1814–1815 гг. были восстановлены. Вехой в истории храмостроительства в Московском Покровском монастыре была деятельность Михаила Доримедонтовича Быковского, который возвёл пятикупольную соборную церковь, «вместившую в себе часть старой, впоследствии разобранной: в середине её, под куполом остались прежние четыре столпа, или пилоны, соединённые арками, также и восточная стена главного алтаря. К среднему большому куполу присоединены четыре осмигранные боковые с главами, покрытые белою жестью и увенчанные вызолоченными крестами. Кругом среднего трибуна под сводами храма помещена ризница, освещаемая окнами из боковых куполов... В средней части престол в честь Воскресения Христова, северный, во имя Тихфинския Божией Матери, южный, в память святой мученицы Александры, празднуемой 6 ноября». Как уточнял М.И. Александровский, собор был перестроен и расширен М.Д. Быковским в 1854–1856 гг. и освящён в честь Воскресения словущего 7 октября 1856 г., а придел мученицы Александры – 11 ноября 1856 г. Таким образом, главный престол Всех святых был упразднён; престол Воскресения Христова стал главным, а к приделу Тихвинской иконы Божьей Матери был добавлен придел мученицы Александры. Покровский храм, перестроенный в начале XIX в., к середине того же столетия имел помимо верхних престолов (главного – Покрова Пресвятой Богородицы, южного – апостолов Петра и Павла, северного – Николая Чудотворца) ещё и нижние: центральный – митрополита Ионы с приделами во имя преподобного Илариона и во имя преподобного Нила Столобенского. Согласно справочникам середины XIX в., верхний престол был освящён архиепископом Августином (Виноградским), а нижний, устроенный игуменом Ионой, в 1825 г. освящён архиепископом Московским Филаретом (Дроздовым); приделы нижнего храма устроены в 1843 г. Таким образом, во второй половине XIX – начале XX вв. в монастыре было два храма с девятью престолами, в юго-восточном углу – каменный семинарский (позднее братский) корпус (1751 г.) и дом причта (1836 г.), а в северо-восточном углу – настоятельский дом (1820 гг.). В 1833–1853 гг. достраивались стены и башни. В 1834–1836 гг. за счёт перестройки стен была расширена монастырская площадь, а в 1886 г. к обители был прирезан западный участок. На этом участке разместился монастырский некрополь.