Согласно донесению в Синод от 3 июля 1782 г., семинария с 1751 г. располагалась в Московском Покровском монастыре «и содержалась на сумму 1143 руб. 711/4 коп.». Амвросий (Подобедов) после назначения в 1782 г. на Крутицкую и Можайскую кафедру нашёл семинарию «в беднейшем состоянии..., исходатайствовал у духовного правительства прибавку к её окладу, которая сравняла его семинарию с прочими, получавшими по 2000 рублей в год» («Чтения в императорском обществе Истории и Древностей»). В Крутицкой духовной семинарии обучалось до сотни человек. Но после упразднения в 1788 г. Крутицкой епархии Московский Покровский монастырь вновь был переведён в Московскую епархию, а ученики бывшей семинарии «распущены по епархиям, к которой кто принадлежал». Крутицкая семинария иногда неофициально именовалась Покровской, монастырь назывался училищным, а настоятели были, как правило, и ректорами семинарии. С 16 августа 1763 г. Московский Покровский монастырь возглавлял игумен Варлаам, в обители проживали три иеромонаха и три иеродиакона. С 1764 г. заштатному монастырю было назначено содержание 300 руб. ассигнациями, или 85 руб. серебром. В 1770–1772 гг., во время эпидемии чумы, в Московском Покровском монастыре была устроена больница. В извлечении из донесения, истребованного епископом Дмитровским, викарием Московской епархии Августином (Виноградским) и доставленного министру духовных дел и народного просвещения, говорится об эвакуации в 1812 г. строителя Ионы с частью ризницы в Вологду, а также о вторжении неприятеля в монастырь 3 сентября, о разграблениях и других актах вандализма («Чтения в императорском обществе Истории и Древностей»). Московский Покровский монастырь был восстановлен в 1815 г., при строителе Ионе; в 1818 г. его посетил император Александр I. В 1863 г. в Московском Покровском монастыре проживали 50 человек, в том числе настоятель (1859–1866 гг.) архимандрит Паисий (Соколов), пребывающие на покое настоятель Иоанафан и церковный историк архимандрит Амфилохий (Сергиевский-Казанцев). Исследователям известен распорядок монастырской жизни, составленный архимандритом Паисием. Он касался, главным образом, богослужебной дисциплины и регламентировал размер денежных штрафов за отсутствие на богослужениях. В 1870 г. по инициативе митрополита Московского и Коломенского Иннокентия (Вениаминова) при Московском Покровском монастыре был основан миссионерский институт, в котором предполагалось устроить богадельню, гостиницу для миссионеров, а также помещение для архива и библиотеки Миссионерского общества. С 1871 по 1878 гг. было подготовлено 26 миссионеров; после кончины митрополита Иннокентия (Вениаминова) миссионерская работа в Московском Покровском монастыре пришла в упадок: в 1879–1887 гг. не было выпущено ни одного миссионера, в 1888 г. – выпущен один, в 1889–1894 гг. – не выпущено ни одного. К 1907 г. в монастыре, которым управлял архимандрит, проживали 18 монахов и 50 послушников. При Московском Покровском монастыре были школа-пансион на 25 мальчиков-певчих и богадельня для 53 женщин, устроенная И.Я. Хлебниковой, ещё в 1810 г. В городских справочниках за 1916 и 1917 гг. монастырь официально именовался миссионерским. Указывалось на существование кладбища, двух богаделен для 75 престарелых женщин и аудитории пастырских курсов. Также отмечалось наличие в монастыре лазарета для раненых и больных нижних чинов на 300 человек. Отсутствие сведений о лазарете в аналогичном издании за 1915 г. позволяет исследователям говорить об учреждении его в 1916 г.