Основные здания, составлявшие архитектурный ансамбль Московского Покровского монастыря, сохранялись. К 1980 г. под государственной охраной находились два храма, братские кельи (XVIII–XIX вв.), дом причта (начало XIX в.), настоятельский дом (XIX в.), стены, северо-восточная и юго-западная башни, южные и северные ворота (XIX в.). Таким образом, в отличие от уничтоженного некрополя архитектурный ансамбль после прекращения богослужений существенно не пострадал. На момент возрождения монастыря его исторические помещения занимали 28 арендаторов. 24 ноября 1994 г. Синод принял решение о возобновлении монастыря как ставропигиального женского. С февраля 1995 г. настоятельницей Московского Покровского монастыря была игуменья Феофания (Мискина). В марте того же года был зарегистрирован устав обители. 14 октября 1995 г. в левом приделе Покровского храма состоялось первое богослужение. В сентябре 1996 г. вышло постановление правительства Москвы о передаче монастырю всех строений, исторически ему принадлежавших, а в начале 1997 г. правительство Москвы передало в безвозмездное бессрочное пользование обители земли. 4 апреля 1998 г. Патриарх Московский и всея Руси Алексий II (Ридигер) совершил освящение великим чином трёх престолов первого этажа Покровского храма. 1 мая того же года в Московский Покровский монастырь с Даниловского кладбища были перенесены мощи блаженной Матроны Никоновой. На рубеже XX и XXI вв. в монастыре проводились масштабные восстановительные работы. В 1999 г. состоялось освящение верхнего храма Покрова Пресвятой Богородицы, 22 ноября 2001 г. – великое освящение Воскресенской церкви. В 1999–2002 гг. была восстановлена колокольня. С 1999 г. действует подворье при Казанском храме села Маркова Раменского района Московской области, с 2009 г. функционирует монастырское сельскохозяйственное угодье. 12 июля 2004 г. при Московском Покровском монастыре открыт приют для девочек, где воспитываются около сорока детей. 27 февраля 2010 г. на 33-м км МКАД был освящён храм святой Матроны, при котором проживают сёстры обители. В апреле 2013 г. монастырю в качестве подворья передан приход храма Успения Пресвятой Богородицы в Троице-Лыкове. В 2013–2014 гг. восстановлена часовня за монастырской оградой, которая по благословению Патриарха Московского и всея Руси Кирилла (Гундяева) вскоре была освящена как храм во имя святых благоверных Петра и Февронии Муромских. В 2012–2015 гг. воссоздано по фотографиям и 23 июля 2015 г. освящено здание монастырской гостиницы. Предстоятели всех поместных православных церквей, кроме Антиохийской и Румынской, в разное время посещали обитель. К 2017 г. в Московском Покровском монастыре проживало около 60 сестёр.