Таким образом, применительно к эпохе великого князя Ивана III Васильевича исследователи могут уверенно говорить только об одном Покровском монастыре в Москве – «в садех», встречающемся в летописи под 1479 г. Эта обитель позднее пришла в запустение, а монастырский храм стал приходским. В книгах Патриарших приказов 1620 гг. отмечена церковь Покрова за Яузой («пуста»; Российский государственный архив древних актов), в «Строельной книге» 1657 г. – «церковь деревянная Покрова… Богородицы, что слывет на Лыщикове, а у той церкви попа нет, стоит без пения». Это позволяет исследователям предположить, что с 1570 по 1620 гг. «на Лыщикове монастыре», упомянутом в духовных грамотах великих князей Ивана III Васильевича и Ивана IV Васильевича, была устроена приходская Покровская церковь, получившая к названию добавление «на Лыщикове горе». Территорию, на которой был расположен монастырь, занимали «убогие домы» (скудельницы), предназначенные для погребения странников или нищих, как правило умерших внезапно без покаяния. В краеведческой и справочной литературе середины XIX – начала XX вв. фиксировалось предание о том, что туда в 1606 г. первоначально доставили труп Лжедмитрия I. В частности, в «Беровой летописи» исследователи встречают указание на перевоз тела «в Божий дом, за Серпуховские ворота» незадолго до того, как его сожгли и пепел развеяли по воздуху. Однако в окрестностях Москвы было несколько «убогих домов», и неизвестно, в какой именно из них был доставлен труп самозванца. В деловой переписке первой трети XVIII в. отразилась версия об основании Московского Покровского монастыря «в начале» при царе Алексее Михайловиче: «...Церковные ссуды и ризница даны от комнаты Его Величества, от дворца же назначено было денежное и хлебное жалованье, и дано довольное количество земли»; Московский Покровский монастырь числился «особым званием – “комнатным”». Историки-краеведы конца XVIII – середины XIX вв. также писали об основании обители при царе Алексее Михайловиче без указания даты либо относили это событие к 1655 г. (Институт русской истории РАН). Иван Михайлович Снегирёв считал временем основания обители 1635 г., т.е. период царствования Михаила Фёдоровича Романова, предположив, что непосредственным поводом к устроению Московского Покровского монастыря было чествование памяти Патриарха Московского и всея Руси Филарета (Романова), скончавшегося в день праздника Покрова Пресвятой Богородицы в 1633 г. (эта версия иногда поддерживается и в наши дни). Существование Покровского храма за Яузой «на Убогих домов» со служившим там чёрным духовенством фиксируется в документах Патриарших приказов, составленных ещё при жизни патриарха Филарета (Романова), в 1620 гг. Под 1 октября 1626 г., в день Покрова Пресвятой Богородицы, упомянут старец Сильвестр «от церкви Покрова Пр. Богородицы что за Яузою, Убогова дому», приходивший к патриарху Филарету (Романову). В записи, сделанной спустя два года, также в день Покрова, отмечается: «...Из за Яузы от Убогова дому игумену Ионе гривна, приходил к государю патриарху с праздничною Св. водою», что ещё более определённо свидетельствует о наличии монастыря, очевидно, также Покровского посвящения, с игуменским управлением. И.М. Снегирёв считал, что монастырь «на Убогих домах» за Земляным валом у Семёновской заставы основан на месте «древнего великокняжеского монастыря в садех Белого города», предполагая их преемственность: «...С тем вместе основанием нового Покровского монастыря, как бы возстановлялся древний, бывший в Москве при Иване III».