По мнению Михаила Ивановича Александровского, монахи были переведены из Лыщикова Покровского монастыря. Однако для исследователей неочевидно, что известный по источникам 1620 гг. Покровский храм, «что за Яузою, Убогова дому», в котором служили представители чёрного духовенства, соотносился с монастырём Покрова «в садех» и тем более с «Лыщиковым монастырем», или что устроители Покровского монастыря «на Убогих домах» располагали какими-либо сведениями о существовании в Москве Покровской обители «в садех» в XV в. или «Лыщикова монастыря». Монастырь «в садех» отмечен в летописи почти за 150 лет до первых упоминаний современного монастыря «у Убогого дому». К тому же они были расположены по разные стороны реки Яузы. «Лыщиков монастырь», отмеченный в духовных грамотах великих князей Ивана III Васильевича и Ивана IV Васильевича, мог быть как монастырём в принятом сегодня понимании этого термина, так и церковным двором, пока в 1620 гг. на его месте не был построен Покровский храм. Устроение обители «на Убогом дому» могло быть результатом повышенного внимания к празднику Покрова, проявившегося в московском храмостроительстве 1620 гг. Отражение войск польского королевича Владислава IV Вазы от Тверских и Арбатских ворот Белого города, которое пришлось на 1 октября 1618 г., могло дать дополнительный стимул к строительству храмов, посвящённых Покрову. И.М. Снегирёв отмечал, что в 1635 г. царь Михаил Фёдорович «пожаловал на построение монастыря землю, лежащую впусте за Земляным валом…, всей этой земли оказалось 17 четвертей; на неё дана владеемая грамота» (он указал на то, что точный список с грамоты хранится в ризнице обители). Существуют сведения о пожертвованиях монастырю царём Алексеем Михайловичем, имевших место 30 июня 1655 и 16 января 1656 г. В феврале 1664 г. в Московский Покровский монастырь был уволен на покой архиепископ Тобольский и Сибирский Симеон. Перед Собором 1666/1667 гг. «в монастыре Покровском иже на убогих дому» проживал единомышленник Григория (Иоанна) Неронова, бывший игумен московского во имя святителя Иоанна Златоуста монастыря Феоктист, впоследствии раскаявшийся: «Имяше же сей иеромонах Григорий единомысленника си, паче же ученика, бывшаго игумена монастыря Златоустовскаго Феоктиста, иже равная учителю своему суемудрствовавше словом и писанием; но послежде принесе покаяние рукописанием си освященному собору, и пожив нечто времене в монастыре Покровском иже на убогих дому, с миром ко Господу отиде». 7 сентября 1674 г. в источниках упомянут бывший архимандрит Пахомий «Покровскаго монастыря Убогих дому, что за Яузою». Есть сведения о том, что в декабре 1697 г. и 16 декабря 1702 г. «Покровскаго монастыря, что на Убогих домех» строитель иеромонах Паисий чинил часы в Патриаршей крестовой палате. Записи позволяют исследователям считать, что лица, возглавлявшие братию в XVII – начале XVIII вв., могли пребывать в разных иерархических должностях: игумена, архимандрита или строителя-иеромонаха. Сохранились сведения о посещении Московского Покровского монастыря государями Алексеем Михайловичем 10 апреля 1675 г. и Фёдором Алексеевичем 25 апреля 1678 г. Московский Покровский монастырь иногда получал от царя денежные средства – ругу. В ружной книге 1680/1681 г. среди загородских обителей отмечен «монастырь Убогих дому, что за Яузою», в котором положено: «Строителю, двум попом, 10 человеком старцом руги и за хлеб, и за всякие запасы, и на одежду, и на дрова, и на свечи, и на ладон, и на вино церковное 108 руб. 14 алт. хлеба 23 ч. с полуосминою ржи, 21 четверть с осминою овса».