Полный список сочинений Марка Евгеника до сих пор не составлен. Из его богословских сочинений к настоящему времени опубликованы две речи «Против чистилищного огня», «Ответы латинянам» (о чистилище), «Десять силлогизмов, показывающих, что нет чистилищного огня», «Диалог с названием “Латинянин”, или о добавлении в Символе», «Речения святых, говорящие, что Святой Дух – от Отца», «Собрания об исхождении Святого Духа», «Силлогистические главы к латинянам об исхождении Святого Духа», «Гомилия к папе Евгению IV» (датируется началом мая 1438 г.), «Исповедание веры» (май-июнь 1439 г.), «Изложение о том, каким образом он принял архиерейское достоинство, и разъяснение о соборе, бывшем во Флоренции» (написано после июня-июля 1440 г.), «Силлогистические главы против ереси акиндинистов о различии божественной сущности и действия», два сочинения «О различии божественной сущности и действия» («Опровержительные слова против Мануила Калеки»), «Истолкование церковного последования», «Об освящении Святых Даров», «О Тайной вечере», «Решения апорий Священного Писания», «На апостольское речение “Уничижил Себя самого, приняв образ раба”», «О плодах Духа», «Об ангелах», «О воскресении», «О пределах жизни», «Слова, сказанные в день, в который он преставился к Богу». Изданы почти все известные исследователям послания Марка Евгеника: «Окружное послание» (написано в 1440–1442 гг.), письма к пресвитеру Георгию в Мефоне (1440 или 1441 г.), «К самодержцу Иоанну Палеологу», «К императору Иоанну Палеологу, недоумевавшему перед латинством», «О душе животных», к Феофану (иеромонаху на Имбросе, 1444 г.), к митрополиту Киевскому Исидору (около 1436 г.), к Иоакиму Синаиту, к игумену Ватопедского монастыря (1440 или 1441 г.), ко Вселенскому патриарху, к иеромонаху Феофану в Эврип (16 июня 1441 г.), два письма Схоларию (первое датируется летом 1440; второе, как полагают исследователи, принадлежит не Марку Евгенику), к иеромонаху Арсению, к «павшему» иеромонаху Феодосию. Остаются неизданными сочинения Марка Евгеника «Почему Божество является монадой и Троицей», «Решения к некоему недоумевающему», «Противодействие латинян с ромейскими решениями», «Христианам о восьмом соборе», «Книжка к императору и папе против опресноков», «Об опресноках», «О Господней крови», «Размышление о числе талантов в евангельской притче», «Комментарий на святого и славного великого пророка и боговидца Илию Фесвитянина», письмо игумену монастыря святого Иоанна Предтечи на Петре. Также не изданы «Диалог “Исидор”, или о послушании», сочинения «Об исповеди», «Дорожная молитва», «Молитва об избавлении от блудного борения от лица женщины», сборник астрономических таблиц, «Своды церковной музыки», «Апология Григория Великого, собранная из различных отцов».