По желанию западной стороны ещё до 30 июня Марк Евгеник подготовил письменное изложение воззрений Греческой церкви о доле, ожидающей души умерших, а также ответил на доводы Хуана де Торквемады. Марк Евгеник принял участие в бурных спорах 16 и 17 июля внутри греческой делегации. В итоге ею было одобрено заявление, согласно которому души праведников одновременно «достигают и не достигают» небесного блаженства, т.е. достигают его в неполной мере. Во время каникул, вызванных эпидемией чумы, Ираклийский митрополит Антоний, Марк Евгеник и его брат Иоанн получили разрешение императора отправиться в Венецию, однако были задержаны на пути и возвращены обратно по настоянию Константинопольского патриарха Иосифа, т.к. двое из них представляли отсутствующих восточных патриархов и потому могли понадобиться в любой момент. Впоследствии ввиду затянувшегося бездействия Марк Евгеник, Исидор Киевский, Михаил Вальсамон и Сильвестр Сиропул были отправлены к папе Римскому. Говоря от имени остальных, Марк Евгеник призвал папу изменить традиционный для вселенских Соборов принцип принятия решений и не опираться на простое большинство голосов. В противном случае сравнительно малочисленная группа греческих делегатов оказывалась обречённой остаться в меньшинстве. Папа отказался последовать этому предложению и обвинил византийцев в том, что они своим поздним прибытием на несколько месяцев задержали работу Собора. Спустя несколько дней обстоятельный ответ на речь Марка Евгеника был дан кардиналом Джулиано Чезарини. Хотя в источниках не сообщается о принятии предложения восточной делегации, дальнейший ход Собора протекал в соответствии с пожеланием Марка Евгеника и других византийцев – решения по обсуждавшимся вопросам принимались не общим голосованием всего Собора, а по итогам заседаний греческой стороны. При возобновлении работы Собора 8 октября Марк Евгеник взял слово после приветственых речей латинского архиепископа Родоса Андрея Хрисоверга и предложил обсудить законность добавления к Символу веры. По его словам, это Римская церковь разрушила взаимную любовь, одобрив учение, которое не имеет основания ни в Священном Писании, ни в решениях Соборов, ни в сочинениях святых отцов. Марку Евгенику ответил Андрей Хрисоверг, который указал на большое значение Римских пап в сопротивлении ересям, распространявшимся на Востоке (Марк Евгеник с этим согласился). Марк Евгеник был включён в состав смешанной богословской комиссии, образованной по принятому 13 октября решению Собора и состоявшей из 12 человек, по шесть от каждой из сторон. Она собралась 14 октября, и западные делегаты выступили в ней против прочтения соборных определений, на чём настаивал Марк Евгеник. Его подход победил, и на заседании Собора 16 октября соборные определения были оглашены, причём зачитываемые тексты сопровождались комментариями Марка Евгеника.