По подсчётам Джона Джилла, в основном, поддержанным другими исследователями, Марк Евгеник родился в 1394 г. Местом его рождения был Константинополь, а полученным при крещением именем – Мануил. Исследователи полагают, что он был так назван в честь деда, поскольку исследователям известно о константинопольском живописце Мануиле Евгенике, который в конце XIV в. расписывал церковь в Грузии и имел сына по имени Георгий, в 1400 г. унаследовавшего от отца дом. Георгий Евгеник, отец Марка Евгеника, руководил школой, был диаконом и «сакеллиу» храма Святой Софии. Мать Мануила (Мария) – дочь врача по имени Лука. Младшим братом Мануила был Иоанн Евгеник. Ввиду составленного Марком Евгеникорм описания Трапезунда высказывалось мнение о его происхождении из этого города (в частности, так полагали Карл Крумбахер и Д. Никол). Также было высказано предположение о происхождении семьи Евгеников с острова Имброс (в пользу этой идеи приводилось принадлежащее Марку Евгенику описание Имброса; эти представления о провинциальном происхождении Марка Евгеника были подвергнуты критике Одиссеем Лампсидисом и Никосом Икономидисом). Образование Мануил Евгеник начал у своего отца. Лишившись его на 13-м году жизни, Мануил продолжил образование под руководством Иоанна Хортазмена и Георгия Гемиста Плифона. Поскольку в рукописи сохранились три записанные лично Марком Евгеником эпитафии Иосифу Вриеннию, и в заглавии одной из них последний назван «учителем», исследователям не приходится сомневаться, что Мануил учился и у Иосифа Вриенния. После завершения образования Мануил взял на себя руководство школой, которую раньше возглавлял его отец. Его учениками были Георгий Схоларий, Феодор Агаллиан (будущий Мидийский митрополит Феофан) и младший брат Мануила Иоанн Евгеник. Тогда же он входит в круг приближённых императора Мануила II. В 1416 г. Мануил был «ритором нотариев»; примерно в то же время прислуживал чтецом в храме. В возрасте 25 лет (т.е. в 1419 г.) принял решение стать монахом и осуществил его вскоре после июня 1420 г. на острове Антигона (как полагают исследователи, в монастыре Преображения), приняв в монашестве имя Марк. Вместе с ним там же постригся его ровесник и друг Дорофей, сын великого сакеллария Вальсамона. Духовным наставником Марка в монастыре стал монах Симеон. Незадолго до начала осады Константинополя султаном Мурадом II в июне 1422 г. Марк Евгеник вместе с Симеоном вернулся в столицу, где надолго (до 1437 г.) поселился в Манганском монастыре святого Георгия. Как полагают исследователи, именно там он написал бо́льшую часть своих гимнографических произведений. В это же время Марк Евгеник становится духовным наставником будущего Константинопольского патриарха Дионисия I, которого он впоследствии рукоположил во диакона и во пресвитера. Когда наметился совместный Собор в Италии, на котором должно было обсуждаться соединение латинской и греческой церквей, стало ясно, что восточные патриархи не смогут прибыть туда лично, и было решено, что Марк Евгеник и митрополит Ираклии Фракийской Антоний будут на Соборе местоблюстителями Александрийского патриарха.